在python中构建文本文件的更快方法

Question

我有两个3d numpy数组，称它们为a和b，512x512x512。我需要将它们写入一个文本文件：

a1 b1 
a2 b2 
a3 b3 
... 

这可以用一个三重循环来完成：当我宁愿几秒钟

lines = [] 
for x in range(nx): 
    for y in range(ny): 
     for z in range(nz): 
      lines.append('{} {}'.format(a[x][y][z], b[x][y][z]) 
print('\n'.join(lines)) 

但是，这是残酷的慢（10分钟一个mac pro）。

我正在使用python 3.6，最新的numpy，并且很高兴使用其他库，构建扩展，无论什么是必要的。什么是最好的方式来加快这一点？

Answer 1

您可以使用np.stack和阵列重塑到（-1,2）（两列）阵列，然后使用np.savetxt：

a = np.arange(8).reshape(2,2,2) 
b = np.arange(8, 16).reshape(2,2,2) 

np.stack([a, b], axis=-1).reshape(-1, 2) 

#array([[ 0, 8], 
#  [ 1, 9], 
#  [ 2, 10], 
#  [ 3, 11], 
#  [ 4, 12], 
#  [ 5, 13], 
#  [ 6, 14], 
#  [ 7, 15]]) 

然后你可以将文件保存为：

np.savetxt("*.txt", np.stack([a, b], axis=-1).reshape(-1, 2), fmt="%d") 

Answer 2

不知道你在这三个数组中有什么样的数据，但是理解你的问题有点困难，但看起来numpy.savetxt对你来说可能是有用的。

下面是它如何工作的：

import numpy as np 
a = np.array(range(10)) 
np.savetxt("myfile.txt", a) 

而这里的文档： https://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.savetxt.html

Answer 3

你可以使用扁平（）和dstack（），见下面的例子

a = np.random.random([5,5,5]).flatten() 
b = np.random.random([5,5,5]).flatten() 
c = np.dstack((a,b)) 
print c 

将导致

[[[ 0.31314428 0.35367513] 
    [ 0.9126653 0.40616986] 
    [ 0.42339608 0.57728441] 
    [ 0.50773896 0.15861347] 
....