转换数据格式为R包Mfuzz

Question

我有一个数据帧称为mydf包含4个不同的列。我想将其转换为Mfuzz package接受的格式以生成群集。我想看到sample1，sample2和sample3的集群。如何将mydf转换为Mfuzz中使用的格式？

mydf 

    s. no sample1 sample2 sample3 
    1  0.003 0.9  11.3 
    2  0.003 1.9  33.3 
    3  0.004 2.9  3.4 
    4  0.005 2.0  44.4 
    5  0.004 2.3  43.4 

Answer 1

我希望这个小例子是有帮助的

set.seed(42) 
mydf = data.frame(A=rnorm(10),B=runif(10),C=rpois(10,l=1)) 
test = new('ExpressionSet', exprs=mydf) # fails 
test = new('ExpressionSet', exprs=as.matrix(mydf)) # works 
t.cl = mfuzz(test,c=3,m=1.25) 
mfuzz.plot(set,cl=t.cl, mfrow=c(2,2))