根据另一个文件的内容中的完全匹配重命名文件名的一部分

Question

我想通过仅更改文件名的一部分并根据另一个文件的列表中的完全匹配来重命名一堆文件。举例来说，如果我有这些文件的名称：

sample_ACGTA.txt 
sample_ACGTA.fq.abc 
sample_ACGT.txt 
sample_TTTTTC.tsv 
sample_ACCCGGG.fq 
sample_ACCCGGG.txt 
otherfile.txt 

，我想根据这些精确的匹配，这是在所谓的replacements.txt另一个文件中查找和替换：

ACGT name1 
TTTTTC longername12 
ACCCGGG nam7 
ACGTA another4 

使所需的结果文件名将是

sample_another4.txt 
sample_another4.fq.abc 
sample_name1.txt 
sample_longername12.tsv 
sample_nam7.fq 
sample_nam7.txt 
otherfile.txt 

我不想更改内容。到目前为止，我已经根据我在本网站上的搜索结果尝试过sed和mv。随着sed我发现了如何利用我的名单替换该文件的内容：

while read from to; do 
    sed -i "s/$from/$to/" infile ; 
done < replacements.txt, 

与mv我已经找到一种方法来重命名文件，如果有一个简单的替换：

for files in sample_*; do 
    mv "$files" "${files/ACGTA/another4}" 
done 

但我怎么能把他们放在一起做我想做的事情？

谢谢你的帮助！

Answer 1

您可以完美地mbine您for和while循环只使用mv：

while read from to ; do 
    for i in test* ; do 
    if [ "$i" != "${i/$from/$to}" ] ; then 
     mv $i ${i/$from/$to} 
    fi 
    done 
done < replacements.txt 

---

与sed另一个解决办法在于使用e命令执行的替换（小心使用的结果！首先尝试输入e以打印将执行的命令）。

因此：

sed 's/\(\w\+\)\s\+\(\w\+\)/mv sample_\1\.txt sample_\2\.txt/e' replacements.txt 

会分析你的replacements.txt文件，并根据需要重命名你的所有.txt文件。

我们只需要添加一个循环来处理其他的一些推广：

for j in .txt .bak .tsv .fq .fq.abc ; do 
    sed "s/\(\w\+\)\s\+\(\w\+\)/mv 'sample_\1$j' 'sample_\2$j'/e" replacements.txt 
done 

（请注意，你应该得到的错误信息时，它会尝试重命名不存在的文件，例如，当它试图执行mv sample_ACGT.fq sample_name1.fq但文件sample_ACGT.fq不存在）

Answer 2

你可以使用awk生成命令：

% awk '{print "for files in sample_*; do mv $files ${files/" $1 "/" $2 "}; done" }' replacements.txt 
for files in sample_*; do mv $files ${files/ACGT/name1}; done 
for files in sample_*; do mv $files ${files/TTTTTC/longername12}; done 
for files in sample_*; do mv $files ${files/ACCCGGG/nam7}; done 
for files in sample_*; do mv $files ${files/ACGTA/another4}; done 

然后要么复制/粘贴或管道直接输出到你的shell：

% awk '{print "for files in sample_*; do mv $files ${files/" $1 "/" $2 "}; done" }' replacements.txt | bash 

如果要使用更长的匹配字符串首先，首先对替代品进行排序：

% sort -r replacements.txt | awk '{print "for files in sample_*; do mv $files ${files/" $1 "/" $2 "}; done" }' | bash