有多个匹配和条件sed的正则表达式

我想转换，例如字符串：有多个匹配和条件sed的正则表达式

abc=123.24|127.9|2891;xyz;hgy

到：

abc=123.24,127.9,2891;xyz;hgy

这是接近：

echo "abc=123.24|127.9|2891;xyz;hgy" | sed -r 's/(=)([0-9.]+)\|/\1\2,/g'

但回报：

abc=123.24,127.9|2891;xyz;hgy

如果条形分隔的数字的数量是可变的，我怎样才能以类似的方式做其余的数字？

澄清：

我讨厌别人不给我问题的全貌，但我上面的原始描述就是这样做的。这个小例子嵌入在一个更大的行中，包括“|”分隔文本。我只想替换“|”与“，”之间的数字之间等号。这里是整条生产线为例：

chr1 69511 rs75062661 A G . QSS_ref ASP;BaseCounts=375,3,118,4;CAF=[0.348,0.652];COMMON=1;EFF=NON_SYNONYMOUS_CODING(MODERATE|MISSENSE|Aca/Gca|T141A|305|OR4F5|protein_coding|CODING|ENST00000335137|1|1);GNO;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;KGPROD;KGPhase1;LowMQ=0.0280,0.0580,500;MQ=49.32;MQ0=14;MSigDb=ACEVEDO_METHYLATED_IN_LIVER_CANCER_DN,KEGG_OLFACTORY_TRANSDUCTION,REACTOME_GPCR_DOWNSTREAM_SIGNALING,REACTOME_OLFACTORY_SIGNALING_PATHWAY,REACTOME_SIGNALING_BY_GPCR,chr1p36;NORMALT=86;NORMREF=228;NSM;NT=het;OTHERKG;QSS=8;QSS_NT=6;REF;RS=75062661;RSPOS=69511;S3D;SAO=0;SGT=AG->AG;SOMATIC;SSR=0;TQSS=1;TQSS_NT=2;TUMALT=15;TUMREF=227;TUMVAF=0.06198347107438017;TUMVARFRACTION=0.1485148514851485;VC=SNV;VLD;VP=0x050200000a05140116000100;WGT=1;dbNSFP_1000Gp1_AC=1424;dbNSFP_1000Gp1_AF=0.652014652014652;dbNSFP_1000Gp1_AFR_AC=162;dbNSFP_1000Gp1_AFR_AF=0.32926829268292684;dbNSFP_1000Gp1_AMR_AC=235;dbNSFP_1000Gp1_AMR_AF=0.649171270718232;dbNSFP_1000Gp1_ASN_AC=500;dbNSFP_1000Gp1_ASN_AF=0.8741258741258742;dbNSFP_1000Gp1_EUR_AC=527;dbNSFP_1000Gp1_EUR_AF=0.6952506596306068;dbNSFP_29way_logOdds=4.1978;dbNSFP_29way_pi=0.1516:0.0:0.6258:0.2226;dbNSFP_ESP6500_AA_AF=0.544101;dbNSFP_ESP6500_EA_AF=0.887429;dbNSFP_Ensembl_geneid=ENSG00000186092;dbNSFP_Ensembl_transcriptid=ENST00000534990|ENST00000335137;dbNSFP_FATHMM_score=0.51;dbNSFP_GERP++_NR=2.31;dbNSFP_GERP++_RS=1.15;dbNSFP_Interpro_domain=GPCR|_rhodopsin-like_superfamily_(1)|;dbNSFP_LRT_Omega=0.000000;dbNSFP_LRT_pred=N;dbNSFP_LRT_score=0.000427;dbNSFP_MutationAssessor_pred=neutral;dbNSFP_MutationAssessor_score=-1.295;dbNSFP_MutationTaster_pred=N;dbNSFP_MutationTaster_score=0.000162;dbNSFP_Polyphen2_HDIV_pred=B;dbNSFP_Polyphen2_HVAR_pred=B;dbNSFP_SIFT_score=0.950000;dbNSFP_Uniprot_aapos=141;dbNSFP_Uniprot_acc=Q8NH21;dbNSFP_Uniprot_id=OR4F5_HUMAN;dbNSFP_aaalt=A;dbNSFP_aapos=189|141;dbNSFP_aaref=T;dbNSFP_cds_strand=+;dbNSFP_codonpos=1;dbNSFP_fold-degenerate=0;dbNSFP_phyloP=0.267000;dbNSFP_refcodon=ACA;dbSNPBuildID=131 AU:CU:DP:FDP:GU:SDP:SUBDP:TU 228,232:3,3:322:4:86,109:0:0:1,2 227,228:0,0:244:1:15,16:0:0:1,2

在这一行替换为字符串：

dbNSFP_aapos=189|141

有：

dbNSFP_aapos=189,141

来源

2014-01-12 seandavi

你用'sed'卡住了吗？ – Birei

没有。但是，我试图通过管道“内联”来避免跟踪工作流中的其他脚本。 – seandavi

作为替代方案，您可以用perl尝试及其evalutation标志：

echo "..." | perl -pe 's{=([\d.|]+)}{"=" . (join ",", split /\|/, $1)}eg'

它在等号后搜索字符串，将其与|分开并用逗号加入。

来源

2014-01-12 16:40:51 Birei

为什么不：

sed 's/|/,/g' 


kent$ echo "abc=123.24|127.9|2891;xyz;hgy"|sed 's/|/,/g' 
abc=123.24,127.9,2891;xyz;hgy

来源

2014-01-12 15:21:05 Kent

为什么不呢？因为在正则表达式中，人们往往认为过于复杂:) +1，因为你比我快了几秒 –

甚至'tr'|' '，' – tripleee

或者因为OP没有给你完整的问题 - 对不起。请参阅上面的说明。 – seandavi

假设分号是你的字段分隔符，如何abou有点像

tr `;\n' '\n;' | sed '/=[0-9.|]*$/s/|/,/g' | tr '\n;' ';\n'

这有一个严重的缺陷;它在一行上的第一个和最后一个字段以奇怪的方式失败。如果你不能忍受这一点，也许试试这个：

awk -F ';' '{ for(i=1; i<=NF; ++i) if ($i ~ /=([0-9.]+\|)+[0-9.]+$/) gsub(/\|/,",",$i); print }'

来源

2014-01-12 15:23:10 tripleee

您在比较条件中错过了结尾“/”。 '（$ i〜/=([0-9.]+\|)+[0-9.]+$/）' – BMW

@宝马谢谢;编辑。 – tripleee

使用tr

echo "abc=123.24|127.9|2891;xyz;hgy" | tr \| , 
abc=123.24,127.9,2891;xyz;hgy

来源

2014-01-12 16:15:59 Jotne

没有用perl可以使用

input="abc=123;def=hello123test;dbNSFP_aapos=189|141|142;dbNSFP_aaref=T;another=test|hello;" 

sed -r 's/(.*=)([0-9.]+\|)+(.*)/\1'$(sed -r 's/(.*=)([0-9.]+\|)+(.*)/\2/' <<< $input | tr '|' ,)'\3/' <<< $input

输出：

abc=123;def=hello123test;dbNSFP_aapos=189,141,142;dbNSFP_aaref=T;another=test|hello;

替换<<< $input与您的文件或任何你确实有输入:)

说明：

我们在正则表达式中有三个捕获组（我重组了gro第二个将只包含替换|的字符串，而第一个和第三个包含第二个组之前和之后的所有内容。
请参阅demo @ regex101。

在第二个命令（$(...)）内，我们用sed抓住第二个捕获组，并用逗号替换每个|。这个替换然后被用于在另一个sed-调用中的第二组的地方。

来源

2014-01-12 16:43:52

有多个匹配和条件sed的正则表达式

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