R A字符串转换成整数的数据帧中

REF   ALT 
AT ATT,A,ATTT

我正在与上面的数据帧工作，需要只包含AT的REF列转换成0的整数，并且然后将含有ATT,A,ATTT入1,2,3的柱，我尝试过变形，但它似乎没有工作。R A字符串转换成整数的数据帧中

而且我完全数据帧具有多行，所以我需要循环命令适用于所有的行。

任何帮助，将不胜感激

来源

2015-07-02 Daniel Ford

目前还不清楚究竟是什么在你的其他行“完整的数据框“。你能给出更多的行，然后是你想要它们转换成什么样的例子吗？现在的问题无法回答。 –

你有预设的想法，哪些项目应该有哪些数字？还是仅仅是连续做他们？如果ATTT再次出现，应该是3次还是不同的数字？ –

其他行在上面将具有相同的格式，REF列总是只有一个值.ACL列将会改变其包含的值的数量。这只是关于他们连续，所以如果ALT行包含AT，A它将成为1,2 ATT，AAA，ATTT将成为1,2,3，如果只有一个只有1 –

设置REF列0很简单。

对于专栏中，我认为为了让每个条目的问题，但行是独立的。因此A可以在一行中编号为1，而在另一行中编号为2（如果该行中有多个条目）。所以我们唯一关心的是每行中的替代品数量。我们可以简单地算来，并生成相应的数字载体，折叠成一个单一的字符串，以在数据帧中的相应条目：

df$ALT <- sapply(strsplit(df$ALT, ","), 
    function(alt) paste(1:length(alt), collapse=","))

来源

2015-07-03 14:12:05

循环中，R是真的效率低下，所以我会强烈建议不要它，如果它不是绝对必要的，你的情况，我不认为这是必要的。

例如，你可以做的，（假设你的数据框被称为“DF”）：

df$REF<-0 # from what I gather all rows should be 0 


df$ALT2<-1 # a proxy column that you can copy to ALT after 
df$ALT2[df$ALT == "A"] <-2 # converts A to 2 
df$ALT2[df$ALT == "ATTT"] <-3 # converts ATTT to 2 

df$ALT<-df$ALT2 # copy proxy over to ALT 
df$ALT2<-NULL #erase proxy column

如果你不关心哪个字符串被分配到哪个号码，但你只是想不同的字符串有不同的intetger，你也可以这样做：

df$REF<-0 # from what I gather all rows should be 0 
df$ALT <- as.numeric(factor(df$ALT)) # give a distinct number to each distinct string counting up from 1.

来源

2015-07-03 13:22:36

R A字符串转换成整数的数据帧中

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