circos

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我试图在mac OSX 10.9上安装libgd（https://mikewest.org/2007/04/installing-libgd-from-source-on-os-x）并在此处找到更多信息（Installing GD library for perl on MacOSX 10.6）。主要目标是能够安装和使用Circos。我按照所有安装各种库libpgn，主要利用./configu

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Circlize plot - 没有画出清晰的线条

我有这个脚本，这导致了这个非常漂亮的circlize情节。 install.packages('circlize', repos = "http://cran.rstudio.com/") install.packages('data.table', repos = "http://cran.rstudio.com/") library(circlize) library(data.tab

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如何创建由另一个文件中的值定义的间隔文件 - 用于WGS数据的圆圈成像

我想用circos软件描述我的寄生虫的全基因组序列（WGS）数据。我想描述的一个要素是参考基因组的区域，对此我没有来自寄生虫的测序数据。我为了做到这一点，我已经使用Samtools创建mpileup文件，从我所提取的位置处的序列深度= 0。因此，我有，看起来像这样一个文件： $chromosome_name $chromosome_position $depth chr_1 1 0 chr

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'circos'风格情节与matplotlib？

有没有人知道是否有方法使matplotlib python包或任何其他python库制作circos-style地块？他们不必像这个例子那样好看。

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使用CircosJS如何链接布局的div的

我有点新d3js，我试图用这一个模块：https://github.com/nicgirault/circosJS 我做什么我坚持一个plunker：https://plnkr.co/edit/8Sn0quYr5teCv239W9k6?p=preview 我怎样才能连接他们之间的月份？这里是我的JS代码： var myCircos = new Circos({ container: '

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具有精确位置的D3和弦图

我想创建chord diagram in D3，但要指定间隔与精确位置的关系，如以下示例中的Circos：。有没有办法在D3中做到这一点？如果没有，有没有办法做到这一点在任何其他javscript数据可视化库？

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麻烦安装字体:: TTF模块

我未能通过cpan Font::TTF安装模块。我在草莓perl 5.24，windows 8 32bit。 C:\Users\user>cpan Loading internal null logger. Install Log::Log4perl for logging messages There seems to be running another CPAN process (p

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你好世界的例子吗？

有人能为我提供一个“你好世界”的例子吗？（www.circos.ca）我知道有大量的压缩文件提供的教程，但我学习的方式是采用最小配置，然后从中构建 - 而我找不到这个。那么，有人能帮我吗？

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如何减少圆环引擎中特定节点之间的边缘长度graphviz

enter image description here如何减少graphviz圆环引擎中特定节点的边缘长度。这里是19个节点和22个边的简单点文件。我使用以下命令编译： circo“input-filename”-Gstart = 5 -Gsize = 1,2！ -Gdpi = 300 -Teps -o“输出文件名” digraph graphname { node [fontname =

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在Perl中安装GD.pm时启用PNG支持

我已经安装了GD.pm.我想确保它支持PNG。所以要检查我是这样做的： $ perl -e 'use GD; $im=GD::Image->new(); print $im->can("png") ? "yes" : "no" , "\n";' no 如你所见。它打印no。后来我从CPAN用以下步骤下载最新的GD： > wget http://search.cpan.org/CPAN/a