pheatmap

    0热度

    1回答

    pheatmap - cytokine_annotation

    我试图在下发展pheatmap cytokine_annotation和seq.int得到错误消息 错误（RX [1L]，RX [2L]，length.out = NB）： '从' 必须是 有限 ř版本3.3.3 pheatmap_1.0.8 重现的例子： #Using cytokine annotations M<-matrix(rnorm(8*20),ncol=8) row_annotat
    r pheatmap 2017-09-25

    1热度

    2回答

    使用pheatmap时裁剪的列标签

    我正在使用pheatmap（Documentation）绘制热图。我在一个相当简单的方法绘制一个矩阵： pheatmap(mat, annotation_col=df, labels_col=rld$Infection_Line, fontsize_row=5, fontsize_col=7) 我图的底部被截断，使我无法看到列名在底部。它看起来像这样： 请注意，这不是heatmap.2。 我试
    r plot pheatmap 2017-06-22

    2热度

    1回答

    在排列中使用pheatmapGrid

    我试图在使用arrangeGrob（）的同一个.jpg中绘制两个图。 我只是刚开始学习网格和grobs，我想我知道问题是什么：pheatmap是一个网格对象，并包含grob对象，不允许我把它放在arrangeGrob。这是真的？ 我会以某种方式将qplot放入网格中，并将pheatmap放入网格中，然后将这些网格放入新网格中？ library(grid) library(gridExtra)
    r grob pheatmap 2016-09-20

    2热度

    2回答

    的R - 图例标题或使用Pheatmap

    当我使用pheatmap创建值的热图，愿与矩阵中的Z值单位标注图例单位。在这个例子中，我希望图例顶部的温度[°C]。我已经阅读了pheatmap的guidelines here，看起来图例的唯一操作是添加一个默认数字列表来代替缩放比例。我看不到任何添加图例标题的选项。 这里是代码的通用块使用pheatmap以生成矩阵和情节。我真的很感激任何关于如何给图例添加标题的建议。 test <- matri
    r heatmap pheatmap 2016-04-25

    0热度

    1回答

    重新分类数据

    我已经使用pheatmap制作矩阵，需要能够将其重新分类为8个分类。任何帮助将不胜感激，我已经下面的代码。 pheatmap(y, cluster_row=FALSE, cluster_col=FALSE, display_numbers=TRUE, color=colorRampPalette(rev(brewer.pal(n=10,name="RdYlBu")))(8)) 我曾
    r matrix classification raster pheatmap 2017-04-11

    1热度

    1回答

    对于低于和高于阈值的值，使用自定义色标的热图贴图

    我想使用颜色为绿色，黑色和红色的pheatmap制作R中的热图，并使用范围从-2到2的图例，这里是码，我用： library(pheatmap) my_palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "red"))(n = 201) colors = c(seq(as.numeric(-2),-0.01,length=100), 0, seq(
    r plot heatmap colorbar pheatmap 2017-06-06

    0热度

    1回答

    哪个颜色键可以在小范围值的热图中使用？

    我的数据涵盖了一个小范围，但我仍然希望在热图中显示数据点之间的小差异。什么颜色键最好最大化颜色强度（而不是生成灰色地图）以及如何在pheatmap中设置范围？
    range heatmap pheatmap color-key 2016-05-09

    -1热度

    1回答

    R：如何在pheatmap中设置p为minkowski距离？

    在R中，有一个函数可以生成具有树状图的热图，称为pheatmap::pheatmap。 minkowski是pheatmap绘制树状图的距离测量选项之一。但是，如何设置功能pheatmap中的p（闵可夫斯基距离的功率）？ 谢谢。
    r distance pheatmap 2017-06-15

    0热度

    1回答

    提取集群的成员（pheatmap）

    我正在执行聚类分析并在R中使用pheatmap函数。我想提取集群的每个成员。 ，我使用生成与k均值聚类pheatmap的命令是： pheatmap(t, kmeans_k=65, cluster_cols=F, mypalette3,display_numbers = T) 现在，我怎么能得到每个簇的成员？ 数据： geneid S1 S2 S3 S4 M3 M4 M6 ENSRNOG000
    r cluster-analysis pheatmap 2017-03-08

    2热度

    1回答

    特定值的Pheatmap颜色

    我对R很新，最近我一直在玩pheatmap库来生成热图。我的问题是，我想以特定的方式为我的热图着色。我将在下面说明： 值< 1应该是一个颜色渐变（例如深蓝色淡蓝色） 恰好等于1的值应为深灰色 值> 1应该是一个颜色渐变（如暗红色浅红色） 我已经与breaks参数发挥各地和color参数与不同的调色板，但我似乎无法钉一个很好的解决方案。我来最接近的是这样的： pheatmap(mtx, c
    r plot heatmap color-palette pheatmap 2017-01-21
最新问题