R中hclust使用的聚类算法是什么？

我使用hclust算法一直是，这里是代码：R中hclust使用的聚类算法是什么？

hc = hclust(dist(mydata)) 
## tweeking some parameters for plotting a dendrogram 
# set background color 
op = par(bg="#DDE3CA") 
# plot dendrogram 
plot(hc, col="#487AA1", col.main="#45ADA8", col.lab="#7C8071", 
    col.axis="#F38630", lwd=3, lty=3, sub='', hang=-1, axes=FALSE) 
# add axis 
axis(side=2, at=seq(0, 400, 100), col="#F38630", 
    labels=FALSE, lwd=2) 
# add text in margin 
mtext(seq(0, 400, 100), side=2, at=seq(0, 400, 100), 
     line=1, col="#A38630", las=2) 
par(op)

什么集群的变化hclust使用，因为我想以编程方式实现它？与维基百科上的实现一样吗：http://en.wikipedia.org/wiki/Hierarchical_clustering？

来源

2013-11-23 blue-sky

您能否更具体地了解您从“hclust”文档和/或源代码中无法理解的内容？否则，就好像你要求别人为你做这项工作。 –

@Joshua Ulrich不喜欢自己实现这个算法，但我想使用与R提供的算法相同的算法，因此我的实现结果将与R的结果相匹配。我只想记录在R中如何实现hclust。如果hclust的R文档是最好提供这个然后那很好。 –

那么，文档是一个明显的起点，它列出了'hclust'可以使用的不同聚集方法。你还想要什么？ –

hclust实现基于Fionn Murtagh的Fortran代码。它被存入statlib：http://lib.stat.cmu.edu/S/multiv。所有的方法都在他的手稿“用Fortan，C和Java代码进行多元数据分析”中描述，你可以找到它here。他的资源网站http://www.classification-society.org/csna/mda-sw/也是一个很好的起点。希望这可以帮助。

来源

2013-11-23 18:34:34 TWL

但是请注意，代码已经在R中调整了多次（即改进了！）; R中的算法现在更加通用，并且在一个地方比上面提到的原始Statlib代码更有效率。只要按照Joshua Ulrich的建议：在阅读帮助文档之后，而不是阅读R的源代码，而不是statlib中的原始代码。由于R使用基于http的svn，因此您可以通过浏览器查看所有R源代码。这一个是 http://svn.r-project.org/R/trunk/src/library/stats/src/hclust.f

一个进一步的注意：agnes（）在包集群提供更多样化的凝聚聚类方法;值得注意的是在下一个版本cluster中更多的是全班。所有这些也是svn repositing和可用类似，为agnes在 http://svn.r-project.org/R-packages/trunk/cluster/src/twins.c （也从旧Fortran翻译，但现在更可读）。

来源

2013-11-23 19:55:04

R中hclust使用的聚类算法是什么？

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