从R包构建排除数据集

Question

我正在实现一个R包，其中我在'data'文件夹中有几个大的.rda数据文件。

当我构建包（使用R CMD构建以创建.tar.gz压缩文件）时，数据文件也包含在包中，并且由于它们非常大，因此使构建（以及检查）过程非常缓慢，而最终的封装尺寸无用地大。

这些数据是通过包的函数从某个数据库下载的，因此其目的不是将数据包括在包中，而是让用户从其自己的数据库中填充数据文件夹。我使用的数据是用于测试的，将它们包含到包中是没有意义的。

总结我的问题是：是否可以将数据保存在'data'文件夹中，但是将它们从构建的包中排除？

编辑

好吧，我找到了第一个解决方案通过创建一个名为.Rbuildignore文件，其中包含一个行：

^data/.+$ 

反正问题仍然存在对R CMD安装和R CMD检查过程中，没有考虑到.Rbuildignore文件。

任何建议也从安装/检查进程中排除文件夹？

Answer 1

如果你使用.Rbuildignore你应该先建立然后检查你的包（这不是检查忽略）。在这里，在一个Debian环境中的一些测试和随机包装：

l@np350v5c:~/src/yapomif/pkg$ ls 
data DESCRIPTION man NAMESPACE R 

l@np350v5c:~/src/yapomif/pkg$ R 
> save(Formaldehyde, file = "data/formal.rda") 

l@np350v5c:~/src/yapomif/pkg$ ls -l 
totale 20 
drwxr-xr-x 2 l l 4096 mag 1 01:31 data 
-rw-r--r-- 1 l l 349 apr 25 00:35 DESCRIPTION 
drwxr-xr-x 2 l l 4096 apr 25 01:10 man 
-rw-r--r-- 1 l l 1189 apr 25 00:33 NAMESPACE 
drwxr-xr-x 2 l l 4096 apr 25 01:02 R 

l@np350v5c:~/src/yapomif/pkg$ ls -l data/ 
totale 4 
-rw-r--r-- 1 l l 229 mag 1 01:31 formal.rda 

现在我创建正是您.Rbuildignore

l@np350v5c:~/src/yapomif/pkg$ em .Rbuildignore 
l@np350v5c:~/src/yapomif/pkg$ cat .Rbuildignore 
^data/.+$ 

好吧，让我们构建

l@np350v5c:~/src/yapomif/pkg$ cd .. 
l@np350v5c:~/src/yapomif$ R CMD build pkg 
> tools:::.build_packages() 
* checking for file ‘pkg/DESCRIPTION’ ... OK 
* preparing ‘yapomif’: 
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK 
* checking for LF line-endings in source and make files 
* checking for empty or unneeded directories 
Removed empty directory ‘yapomif/data’ 
* building ‘yapomif_0.8.tar.gz’ 

精细（你看到有关消息yapomif /数据）。现在，检查包

l@np350v5c:~/src/yapomif$ R CMD check yapomif_0.8.tar.gz 
> tools:::.check_packages() 
* using log directory ‘/home/l/.src/yapomif/yapomif.Rcheck’ 
* using R version 3.1.0 (2014-04-10) 
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
... 

...一切如常

现在让我们来检查文件（移动到主目录，以保持我的 发展DIR干净）

l@np350v5c:~/src/yapomif$ mv yapomif_0.8.tar.gz ~ 
l@np350v5c:~/src/yapomif$ cd 
l@np350v5c:~$ tar xvzf yapomif_0.8.tar.gz 
l@np350v5c:~$ ls yapomif 
DESCRIPTION man NAMESPACE R 

所以没有数据目录

但是如果

l@np350v5c:~/src/yapomif$ R CMD check pkg 

... 

Undocumented data sets: 
    ‘Formaldehyde’ 

所以，如上所述，先建立，然后检查。

HTH，卢卡