手动在Python中绘制树状图

我已经实现了一种算法来解决图中的聚类问题。我使用python库“python-graph”来表示图形。现在，在我的计算的每一步（该算法是迭代的），我必须绘制树状图的一部分。事实上，该算法是分裂的，从原始图开始计算聚类。现在，我不知道用什么来绘制树状图（有人建议PIL，但我正在寻找一些简单的东西，我不知道如何使用PIL）...你能提出一些建议并告诉我如何做阴谋吗？手动在Python中绘制树状图

注：我读了其他问题，但似乎一切都使用方法，使用群集的自动计算...这不是我要找的：我需要手动绘制树状图或至少找到一种方法表示要绘制的集群。

谢谢！

来源

2011-06-26 Raffo

实施scipy dendrogram的代码可以找到here，这个简单的implementation将帮助您继续前进。

来源

2011-06-26 14:04:46 eat

一些例子这是一个很难找到一种方法，它的很多代码看，我仍然无法弄清楚如何画树状图，而产生这......这不是在不知道最终结果的情况下轻松定义图像大小。我认为更好的解决方案是创建树，以某种方式表示并找到一个函数来绘制它。看到这里：http://stackoverflow.com/questions/5957625/how-can-i-create-a-dendrogram-in-r-using-pre-clustered-data-created-elsewhere – Raffo

@Raffo：你检查详细方式https://gist.github.com/846567？恕我直言，这是非常简单的，你应该很容易能够从中提取你真正需要的东西。谢谢 – eat

我必须在代码中挖一点点，我没有注意到它。我刚才看到几乎没有任何意见.. – Raffo

或许是其他的解决方案可能是这一个： http://ete.cgenomics.org/ 我建议你主要帮助PDF开始： http://ete.cgenomics.org/releases/ete2/doc/ete_tutorial.pdf

来源

2011-06-26 17:40:34 fransua

这似乎是一个非常强大的库，谢谢。 – Raffo

的ETE蟒蛇工具给你画树很多的可能性。绘图引擎允许编程树渲染。树可以被绘制为PNG或SVG图像。树状图可以表示为矩形或圆形发束。

尽管ETE通常用于处理系统发生树，但它还提供了一个聚类模块，并具有多种特殊的预定义可视化模式。

检查在http://packages.python.org/ete2/tutorial/tutorial_drawing.html

来源

2011-12-13 14:53:51 jhc

手动在Python中绘制树状图

回答

相关问题