使用Plotly Python绘制树状图

我想绘制使用Python的树状图，最好使用Plotly。我有一个数据集包含各种对象的聚类。我可以使用此数据集来生成所需的数据或至少外插。但是，我不明白create_dendrogram的输入实际上是什么。该文档只是说它是一个ndarray - 作为数组阵列的观察矩阵。我对Numpy ndarrays很熟悉，但我想知道数组必须包含什么。使用Plotly Python绘制树状图

更具体地说，值X [i] [j]的意义是什么。它只是似乎是0和1之间。我已经在为Python这里Plotly API文档看起来浮 -

import plotly.plotly as py 
from plotly.tools import FigureFactory as FF 

import numpy as np 

X = np.random.rand(10, 10) 
fig = FF.create_dendrogram(X, orientation='left', labels=names) 
py.iplot(fig, filename='dendrogram_with_labels')

如果有另一种更直观的方式在Python得到一个树状我会也喜欢知道。我对此感到陌生，任何帮助将不胜感激。（请让我知道如果我需要重新提出这个问题！）

来源

2016-07-19 Achyudh Ram

看看http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.dendrogram.html –

感谢沃伦，但在SciPy的使用ndarray .cluster.hierarchy.dendrogram使用4乘（n-1）矩阵（ndarray），而对于Plotly，它是焦虑状态。 –

有一种方法可以使用ggplot2 + dendextend + plot来做到这一点 –

您可以传递链接函数到create_dendrogram函数。例如：

from scipy.cluster.hierarchy import linkage 

... 

figure = FF.create_dendrogram(
    data_array, orientation='bottom', labels=id_label_list, 
    linkagefun=lambda x: linkage(data_array, 'ward', metric='euclidean') 
)

来源

2017-03-30 21:11:14 biofunc1234

使用Plotly Python绘制树状图

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