从nlme/lme4输出中提取固定效果的p值

我试图从由混合效果模型的摘要调用创建的对象中包含的固定效果表中提取单个元素（具体为p值）。从nlme/lme4输出中提取固定效果的p值

玩具数据：

set.seed(1234) 
score <- c(rnorm(8, 20, 3), rnorm(8, 35, 5)) 
rep <- rep(c(0,1,2,3), each = 8) 
group <- rep(0:1, times = 16) 
id <- factor(rep(1:8, times = 4)) 

df <- data.frame(id, group, rep, score)

现在创建一个模型

require(nlme) 

modelLME <- summary(lme(score ~ group*rep, data = df, random = ~ rep|id)) 

modelLME

当我们调用它，我们得到的输出

Linear mixed-effects model fit by REML 
Data: df 
     AIC  BIC logLik 
    219.6569 230.3146 -101.8285 

Random effects: 
Formula: ~rep | id 
Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization 
      StdDev  Corr 
(Intercept) 2.664083e-04 (Intr) 
rep   2.484345e-05 0  
Residual 7.476621e+00  

Fixed effects: score ~ group * rep 
       Value Std.Error DF t-value p-value 
(Intercept) 22.624455 3.127695 22 7.233587 0.0000 
group  -1.373324 4.423229 6 -0.310480 0.7667 
rep   2.825635 1.671823 22 1.690152 0.1051 
group:rep 0.007129 2.364315 22 0.003015 0.9976 
Correlation: 
      (Intr) group rep 
group  -0.707    
rep  -0.802 0.567  
group:rep 0.567 -0.802 -0.707 

Standardized Within-Group Residuals: 
     Min   Q1   Med   Q3   Max 
-1.86631781 -0.74498367 0.03515508 0.76672652 1.91896578 

Number of Observations: 32 
Number of Groups: 8

现在我可以提取参数估计值的固定效果通过

fixef(modelLME)

但我该如何提取p值？

要提取整个随机效应表我们称之为

VarCorr(modelLME)

，然后通过该子集功能[,]提取表中的各个元素。但我不知道VarCorr()与固定效果的等效函数是什么。

来源

2016-06-10 llewmills

您可以提取p值：

modelLME$tTable[,5] 

    (Intercept)   group    rep  group:rep 
0.0000003012047 0.7666983225269 0.1051210824864 0.9976213300628

一般来说，看着str(modelLME)有助于寻找不同的组件。

来源

2016-06-10 08:00:49 beetroot

谢谢@beetroot。我确实运行了'name（modelLME）'，但是并不清楚'tTable'是固定效果表。另外，使用'VarCorr'调用的随机效果表没有列在此函数调用的元素列表中，所以我不确定固定效果是否也是。但他们是。干杯。 – llewmills

从nlme/lme4输出中提取固定效果的p值

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