使用bash脚本安装R包 - 对提示做出响应

在我的工作中，访问我们群集的边缘节点服务器每天都会重新实例化。这意味着我必须克隆我们的repo，并且每天早上安装一堆R包。我写了一个bash脚本（使用https://github.com/eddelbuettel/littler从命令行打开R）来自动执行此操作，并且除了一个打嗝外，它都可以工作。使用bash脚本安装R包 - 对提示做出响应

巴什称：这将打开R对话，并调用以下命令 [R install.R

：

repos <- "http://... [our CRAN equivalent]" 
install.packages("[package_name]",repos)

现在，通常情况下，如果我是R中进入这个我自己，我会得到这是一个响应：

Installing package into ‘/usr/hdp/2.5.5.3-2/spark2/R/lib’ (as ‘lib’ is unspecified) 
Warning in install.packages("[name_of_package]", repos = "http://...") : 

'lib = "/usr/hdp/2.5.5.3-2/spark2/R/lib"' is not writable 
Would you like to use a personal library instead? (y/n)

，我会说“Y”接着又“Y”时，它表明一个库来创建。但是，当我从bash脚本执行此操作时，它只是说该库不可写并中止。

两个方案我在这里看到： 1）我告诉它的库编写程序包中我已经试过这一点，而包没去那里，他们到达了空。没有什么是从回购实际下载的。

2）以某种方式让脚本能够在我需要的两个肯定的响应中输入，以便让R完成它的任务并创建它自己的库。

对这些任何建议的任何建议将不胜感激！

来源

2017-08-03 data princess

一个不同的方法，工作比我最初发布好得多：

在bash：

创建安装特定库（等同于默认R将要创建的）

mkdir -p R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3 
Rscript --vanilla install_packages.R

在install_packages.R：

pkg_list <- # however you want to get this 

for (pkg in pkg_list) { 
    install.packages(pkg, repos = "your_cran_mirror", 
        lib = "R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3") 
    if (!require(pkg, character.only = T)) { 
    quit(save = "no", status = 1, runLast = FALSE) 
    } 
}

使用此方法，R不会提示您，并且您的脚本将按预期运行。

来源

2018-02-16 15:56:59

有多种解决方案。我将展示两个类似的解决方案。

交互脚本：

#!/bin/bash 
# test.sh 

printf "Response 1: " 
read resp1 
echo "You inserted $resp1" 
printf "Response 2: " 
read resp2 
echo "You inserted $resp2"

要管两个条目到这个脚本，我们可以使用一个here string：

$ ./test.sh <<< $'yes\nno\n' 
Response 1: You inserted yes 
Response 2: You inserted no

每个条目由\ n字符的其他项分隔。该字符串被发送到脚本的标准输入。

或者，你也可以管串入脚本标准输入流：

$ printf 'yes\nno\n' | ./test.sh 
Response 1: You inserted yes 
Response 2: You inserted no

来源

2017-08-03 22:23:48 LTClipp

所以这个问题实际上更多的是与“小问题”，我用来与R接口的软件包。在你的例子中，通往test.sh的管道工作正常，但实际上我从内部运行R脚本shell脚本。由于某些原因，当我从命令行访问它时，R似乎没有给出提示。 –

两个选项：

yes | r install.R

或：

{ echo y; echo y; } | r install.R

来源

2017-08-04 01:12:22

事实证明，你实际上不能将管道连接到littler，正如这里所建议的那样。但我很欣赏这个想法。我最终只是在启动R会话之前将必要的字符串打印到控制台，以便我可以快速复制/粘贴一段代码。两步而不是一步，但优于十步。 –

注：这在技术上但是很笨拙并且容易出错。请看我的其他答案。

我想出了一个办法。

第一个，创建或修改.Rprofile。在该文件的顶部添加安装和响应。例如：

repos = [CRAN or wherever you're sourcing from] 
install.packages(package1, repos) 
y 
y 
install.packages(package2, repos) 
install.packages(package3, repos) 
... # etc.

'y'只适用于第一个包，当R询问您是否要创建一个新库时。随后的软件包也将被丢弃在那里。

如果您确实希望它免提，并且脚本在安装R软件包后执行其他操作，您可以在末尾添加quit()语句，该语句将退出R并执行您希望脚本执行的任何操作。当你想要稍后启动R时，这可能会很麻烦，所以你希望脚本能够传递一些不同的.Rprofiles。

二，在你的bash脚本中，只需打开R与R。 .Rprofile将在启动时立即运行，并且软件包将自动下载。

来源

2017-08-21 21:11:46

使用bash脚本安装R包 - 对提示做出响应

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