R包安装

我基本上有两个问题。R包安装

如何找到正在运行的默认Rprofile？我还没有设置Rprofile，所以我不确定它从哪里运行。
我想安装几个软件包使用命令（在主终端做一个SUDO后）。

install.packages("RODBC","/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9")

，我回来它说的错误：

ERROR: failed to lock directory ‘/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9’ for modifying Try removing ‘/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9/00LOCK’

The downloaded packages are in ‘/tmp/RtmpkzDMVU/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages("RODBC", "/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9") : installation of package 'RODBC' had non-zero exit status

来源

2009-08-29 Quantrix

一些评论您的问题：

看help(Startup)。您可能正在运行$R_HOME/etc/Rprofile [在Ubuntu和Debian上也可以使用/etc/R/Rprofile，因为我们创建了用于连接它们的软链接]，并且您同时使用了空的$R_HOME/etc/Rprofile.site以及~/.Rprofile。
对于初学者，请在lockfile上执行ls -l并查看它是否存在。如果是这样，并且您没有其他R流程正在运行，请删除。重新启动软件包安装。
RODBC需要ODBC库的开发头文件和所有这一切 - 对于Debian/Ubuntu，您只需说sudo apt-get install r-cran-rodbc即可。如果您运行另一个发行版，请查看它们是否包含RODBC。
关于~/.Rprofile有几个可能的提示和技巧，你可以从this earlier StackOverflow question了解到。

来源

2009-08-29 17:41:33

-3

感谢您的回复。确实有帮助！我使用sudo apt-get安装了我的RODBC软件包。这是无痛的。不过，对于哪个Rprofile正在运行，我仍然有点困惑。我的确在运行Ubuntu Jaunty。

当我做一个whereis R命令时，我得到以下内容。 R：/ usr/bin/R/etc/R/usr/lib/R/usr/local/lib/R/usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz

在/ etc/RI有

ldpaths Makeconf Renviron Renviron.site库Rprofile.site

如果我cd到/ usr/lib中/ R /等等，我有

ldpaths Makeconf Renviron Renviron.site存储库Rprofile.site

1）我的问题是，哪些是用来运行R的？

2）当我做一个sudo apt-get install r-cran-rodbc时，安装包在哪里？

3）我在/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9有一个R的主文件夹，其中我的bioconductor软件包都位于此处。我如何获得sudo apt-get软件包在这里安装？（？.Rprofile）它甚至有必要吗？

来源

2009-08-30 14:28:17 Quantrix

我想你应该订阅R-SIG-debian的名单，并要求存在 - 这样的名单，如果专注于在Debian/Ubuntu的r用。 – 2009-08-30 14:50:19

Re 1）它们是相同的文件，只是软链接。试试'ls -l /etc/R/Rprofile.site /usr/lib/R/etc/Rprofile.site'。 Re 2）这是基本的dpkg东西 - 试试'dpkg -L r-cran-rodbc'Re 3）你误解了：$ HOME下面是你的，下面的/ usr是apt/dpkg。此外，还有易安装的BioConductor可安装版本。 – 2009-08-30 15:01:24

太棒了！这使得事情变得更加清晰！我尽快进入邮件列表！ – Quantrix 2009-08-30 15:27:03

关于你的软件包安装，我认为问题是“/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9/00LOCK”。只要rm这个目录和安装将工作。

在中国一个参考：http://cos.name/cn/topic/108555#post-239310

来源

2014-09-02 09:10:34

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