无法安装bioconductor的GenomicFeatures软件包：“SetGeneric中的错误”

我在安装GenomicFeatures（R中的bioconductor软件包）时遇到问题，但我试图安装的所有其他Bioconductor软件包都正常工作。对于GenomicFeatures错误是：无法安装bioconductor的GenomicFeatures软件包：“SetGeneric中的错误”

Error in setGeneric(f, where = where) : 
must supply a function skeleton for ‘cols’, explicitly or via an existing 
function Error : unable to load R code in package ‘GenomicFeatures’

我用Google搜索这个错误，发现只有两个或三个环节（与其他R封装），通常的问题是由于安装旧[R，但我有一个相当新的。

我具有R 3.0.0和biocond.v 2.13

在另一台计算机上R.3.0.0和biocond.v 2.12它安装好。

为了找出GF安装失败的原因，我将不胜感激任何提示或指示。

我的环境和安装的命令和sessionInfo：

$ R 

R version 3.0.0 (2013-04-03) -- "Masked Marvel" 
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.11.1), ?biocLite for help 
> biocLite("GenomicFeatures") 
BioC_mirror: http://bioconductor.org 
Using Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.11.1), R version 3.0.0. 
Installing package(s) 'GenomicFeatures' 
trying URL 'http://bioconductor.org/packages/2.13/bioc/src/contrib/GenomicFeatures_1.13.8.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 752535 bytes (734 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 734 Kb 

* installing *source* package âGenomicFeaturesâ ... 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
Error in setGeneric(f, where = where) : 
    must supply a function skeleton for âcolsâ, explicitly or via an existing function 
Error : unable to load R code in package âGenomicFeaturesâ 
ERROR: lazy loading failed for package âGenomicFeaturesâ 
* removing â/scratch_local/ugdg_software/lib/R/library/GenomicFeaturesâ 
* restoring previous â/scratch_local/ugdg_software/lib/R/library/GenomicFeaturesâ 


> sessionInfo() 
R version 3.0.0 (2013-04-03) 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_GB.UTF-8  LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 
[5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8 
[7] LC_PAPER=C     LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C   
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base

[固定] AS马丁说，新的版本今日（2013年6月2日）解决了这个问题。

来源

2013-06-02 Pablo Marin-Garcia

看起来您正在使用Bioconductor的“devel”版本（目前，Bioconductor版本2.13，来自上述输出），并且您正在被前沿更改咬住。 GenomicFeatures软件包有not built successfully几天，通过biocLite可用的版本无法正常使用其他可用软件包。我相信，GenomicFeatures将成功构建今晚，在大约上午10点西雅图时间星期日，6月2日

正确的地方，将可这是问题是Bioconductor的或BIOC-devel的mailing list

来源

2013-06-02 02:48:13

感谢马丁。我尝试了第一个bioconductor邮件列表（我订阅了这个邮件列表），但被googlemail/gmail的二元性咬了，我的邮件进入了“等待主持人的决定”。 –

无法安装bioconductor的GenomicFeatures软件包：“SetGeneric中的错误”

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