R中的秩相关矩阵

Question

如何在给定数据帧的列数很多的情况下，在R中以优雅的方式产生秩相关矩阵？我无法找到一个内置的功能，所以我试图

> test=data.frame(x=c(1,2,3,4,5), y=c(5,4,3,2,1)) 
> cor(rank(test)) 

（仅2列简单，真实的数据有5列），这给了

> Error in cor(rank(test)) : supply both 'x' and 'y' or a matrix-like 'x' 

我想，这是因为rank采取一个单一的载体。于是我试着

> cor(lapply(test,rank)) 

获得排名的数据帧应用于每一列，处理数据帧的名单，这给了错误

> supply both 'x' and 'y' or a matrix-like 'x' 

，我终于结束了越来越与

> cor(data.frame(lapply(test,rank))) 
    x y 
x 1 -1 
y -1 1 

但是这似乎相当详细和丑陋。我在想一定有更好的办法 - 如果是的话？

Answer 1

你做错了 - 使用kendall方法参数为cor()代替：

R> testdf <- data.frame(x=c(1,2,3,4,5), y=c(5,4,3,2,1)) 
R> cor(testdf, method="kendall") 
    x y 
x 1 -1  
y -1 1 
R> 

从help(cor)：

对于cor()，如果方法是"kendall"或"spearman"，Kendall的tau或 斯皮尔曼的rho统计量用于估计一个基于等级的衡量 关联。如果 数据不一定来自二元正态分布，则这些更加健壮并且被推荐。对于 cov()，非皮尔逊方法是不寻常的，但可用于完整性。请注意，"spearman"基本上计算cor(R(x), R(y)) （或cov(.,.)）其中R(u) := rank(u, na.last="keep")。在 缺失值的情况下，排名根据 的使用值进行计算，无论是基于完整的观察结果，还是基于成对排列的每对配对的完整性。