pandoc和rmarkdown：无法获取高于rmarkdown文档一级的图像

我刚开始使用rmarkdown，pandoc和knitr。我有很大的困难，试图让pandoc获取比rmarkdown文档高一级的图像。例如，考虑我们的项目目录〜/测试，下面rmarkdown位于〜/测试/脚本：pandoc和rmarkdown：无法获取高于rmarkdown文档一级的图像

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title: "test" 
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```{r global_options, include=FALSE} 
library('knitr') 
opts_knit$set(root.dir = '~/test') 
``` 

![test](figures/test.svg)

然后我在〜/ test目录运行命令Rscript -e "rmarkdown::render('scripts/test.Rmd')"。它给我的错误：

pandoc: Could not fetch figures/test.svg 
figures/test.svg: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)

我会通过设置root.dir是项目目录有想到，这pandoc相对于该文件将获取？但似乎“工作目录”总是设置为相对于rmarkdown文档的位置？任何帮助，将不胜感激。谢谢，

>sessionInfo() 
R version 3.1.0 (2014-04-10) 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8  LC_NUMERIC=C    LC_TIME=en_CA.UTF-8  LC_COLLATE=en_CA.UTF-8  LC_MONETARY=en_CA.UTF-8 LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8  LC_NAME=C     LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base 

other attached packages: 
[1] vimcom_1.0-0 setwidth_1.0-3 colorout_1.0-2 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_3.1.0`

来源

2015-01-12 TinyHeero

如果您从'scripts'目录内运行脚本，它会工作吗？ –

不幸的是没有。当我运行时，cd〜/ test/scripts && Rscript -e“rmarkdown :: render（'scripts/test.Rmd'）”我得到同样的错误。 – TinyHeero

我认为你应该从'脚本'里面运行'scripts/test.Rmd'到'test.Rmd' –

Pandoc不知道knitr的root.dir选项。您必须写入相对于当前工作目录的路径，例如../figures/test.svg。或在scripts目录下运行Rscript。

如果您在使用rmarkdown和knitr刚开始，我强烈建议你不要使用root.dir选项，除非你真的明白是什么意思。这些目录可以是really, really tricky。

来源

2015-01-13 01:39:19

这让我感到困惑。当我从〜/ test目录运行Rscript -e“rmarkdown :: render（'scripts/test.Rmd'）时，是不是我的工作目录〜/ test，因为那是我从哪里调用的？而且数字是一个文件夹（忘了提及这个）与〜/ test是同一级别的，所以这意味着数字/ test.svg应该正确的路径，但它不起作用 – TinyHeero

@ user2774754你在R中的工作目录是〜/〜测试'但是因为你渲染（'scripts/test.Rmd'）'，我相信rmarkdown会暂时将工作目录改为'scripts /'，在这种情况下，你必须使用'../figures/test .svg'。我个人建议用户在它的目录下编译一个Rmd文件，并且认为所有的路径都是相对于Rmd文件的目录。如果你从另一个目录渲染一个Rmd文件，事情会变得非常棘手。 –

ok我之所以喜欢在Rmd上运行Rscript一个目录是因为在实践中我实际上有一个“包装器”脚本，它调用Rmd文件。包装脚本是一个R文件，负责加载所有输入数据和预处理数据。然后它是rmarkdown :: render（）函数的脚本。所以，当它加载所有的数据时，数据与我称之为的地方有关（这是应该发生的事情）。在实践中，你是否也加载和处理你的Rmd文件中的所有数据？我想知道，所以我知道什么是正确的做法... – TinyHeero

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