2017-01-17 60 views
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我一直在开发一个闪亮的仪表板,该仪表板有一个下载PDF的按钮。我一直在我的Windows 7计算机上本地工作,使用以下:Rmarkdown Pandoc问题

  • [R 3.3.1
  • RStudio 0.99.902

我已经开发了仪表盘就好了,在* .Rmd文件也可以工作,虽然它花了一些时间来弄清楚一些格式化的东西。除了一些使用header.tex文件格式化的东西外,一切都是标准的。我没有使用任何特殊的软件包或类似的东西。

最后,这个仪表板应该在我为最终用户设置的Redhat 6.8盒子上运行。在这个盒子我有以下的安装:

  • [R 3.3.1(这将安装一些标准的texlive依赖)
  • Pandoc 1.9.4.1-1.1.el6

我已经确保所有需要的软件包都已安装在R装置中(rmarkdown,knitr,shiny等)。发生

我的问题时,试图编织/渲染* .Rmd文件:

> rmarkdown::render("pdfReport.Rmd") 
    Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available). 

于是,经过一番搜索,我发现,RedHat的回购协议(及其他分派)往往携带大量旧版本pandoc的,而Windows的RStudio安装我带有与我需要的项目兼容的pandoc.exe。

我的下一步行动就是手动安装pandoc。我发现:

http://pandoc.org/installing.html

它会引导您完成下载和堆栈的方式安装。所以我安装了Haskell平台和Haskell工具集来获得“堆栈”。然后,我尝试用该过程编译几个不同版本的pandoc,但没有取得任何成功和大量编译错误。

与所有的这么说,是下列之一的可能性:

  1. 上轻松的RedHat 6.8安装pandoc的当前版本(1.12或更新版本)?也许有一个RPM在某个地方?
  2. 使我安装时的安装参数(RHEL 6.8,R 3.3.1和pandoc 1.9.4.1)一起工作?也许某种重写。

在此先感谢!

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伸出援手,因为谷歌显然被打破了。['在RedHat 6.8 pandoc 1。12'搜索条件],这是非常有希望的关闭作为这里的主题(也许不在服务器故障)https://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=pandoc – hrbrmstr

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@hrbrmstr - 拍摄,我应该提到这一点 - 我确实抓住了这个RPM并尝试它,但是有几个依赖关系是安装无法找到的。我解决了其中的很多问题,但有几个无法解决或由回购提供的错误版本。我不得不去找所有这些特定版本并下载它们。有没有更容易的方法来做到这一点,我不知道? – azdatasci

回答

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Pandoc 1.17目前在Fedora repo应该与RedHat兼容,对不对?

但是1.17已经很老了。所以compiling from source可能是你最好的选择和使用stack这是相当直接:

git clone https://github.com/jgm/pandoc 
cd pandoc 
git submodule update --init # to fetch the templates 
stack setup     # to fetch ghc 
stack install 
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谢谢你,我已经找到了另外一个你刚刚列出的东西,但它有点不同,因为它使用了1.19版本,但是它失败了。回顾并遵循当前的流程(我假定当前的稳定版本)工作得很好。谢谢你的回答! – azdatasci

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很高兴听到,是的主人是相当稳定的...如果你想要一个实际版本,你可以从https://github.com/jgm/pandoc/releases – mb21

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真棒。再次感谢。看起来事情已经开始并且正在运行! :) – azdatasci