从Java调用R - 不同的R版本

在我工作的计算机上（运行fedora）R-2.15默认安装。我下载了R-3.0.2，因为我需要几个包，其仅可对R 3从Java调用R - 不同的R版本

当我尝试使用Runtime.getRuntime().exec(command);从Java调用RSCRIPT与命令是字符串数组{"/path/to/Rscript/3-0" "name/of/script" "...args..."}我得到的错误WARNING: ignoring environment value of R_HOME，它说它无法加载所需的软件包。当我在终端中运行相同的命令时，它运行良好。

通过java调用和调用控制台之间的区别是什么？我该如何解决它？

编辑1：当我运行我的本地安装的R-3版本，libPaths回报

> .libPaths() 
[1] "/home/<homedir>/.bin/R-3.0.2/library"

但是，当我从Java调用的RSCRIPT，libPaths回报

[1] "/home/<homedir>/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.15" 
[2] "/usr/lib64/R/library"           
[3] "/usr/share/R/library"           
[4] "/home/<homedir>/.bin/R-3.0.2/library"

这个问题似乎因为Java会添加任何告诉R从2.15安装中加载软件包的环境变量。我怎样才能防止这个？

编辑2：当我列出使用System.getenv();方法没有R - 相关被示出所有环境变量，同样是这种情况，当我列出在终端使用printenv的环境变量。但是当我在R中调用Sys.getenv时，变量R_HOME，R_LIBS，...被定义。这些是如何定义的？

来源

2014-01-27 Jonas

如果您提供可重复的示例，这将更容易诊断。 R_HOME的价值是什么？你的脚本包含什么？每种情况下的库在哪里（'.libPaths（）'返回什么）？你确定你在这两种情况下都使用相同版本的R（什么'版本'返回）？ –

我添加了有关libPath的信息。你是对的，这似乎是问题....但我该如何解决它？ – Jonas

当您加载包时，您可以选择要查找的库。例如，当通过Rscript调用脚本时，可以使用

library(rJava, lib.loc = .libPaths()[4])

来源

2014-01-28 16:02:34

是的，我知道，但我想写一个Java应用程序，这种解决方法只会在我的电脑上工作，但一般情况下......'libPaths（）'应该像'c（“<安装>的默认值” ， “<家庭用户的->/R//”）' – Jonas

也许使用'.Library'或'.Library.site'，在'？.libPaths'帮助页面都描述。你可能会让用户决定他们在哪里安装和加载他们的软件包。更好的解决方案是确定何时何地设置这些额外的库。你必须做一些挖掘。 –

从Java调用R - 不同的R版本

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