如何使用knitr来比较不同版本R的性能？

Question

我要评估的不同版本R的一些代码的性能这在原则上很容易：

• 开始[R
• 使用system.time()来衡量它需要运行一段代码
时间
• 终止[R
• 冲洗，并在不同的版本

现在，我想用knitr创建报告要做到这一点重复。所以，在我看来，我需要一种机制在每个块中开始新的会话。

我该怎么做？

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一些样品knitr降价代码作为示范。此代码使用ggplot绘制图形，但显然两个版本都返回相同的计时，因为我不知道如何为每个块启动新版本的R。

Comparison of R performance 
======================================================== 

# Do analysis in R version 2.14 

```{r fig.width=6, fig.height=3} 
library(ggplot2) 
data(diamonds) 

system.time({ 
    p <- ggplot(diamonds, aes(carat, price/carat, colour=clarity)) + geom_point() 
    print(p) 
}) 
``` 


# Repeat same analysis in R 2.15 

```{r fig.width=6, fig.height=3} 
library(ggplot2) 
data(diamonds) 

system.time({ 
    p <- ggplot(diamonds, aes(carat, price/carat, colour=clarity)) + geom_point() 
    print(p) 
}) 
``` 

Answer 1

添加Rscript发动机knitrwas easy，但我被an R bug忍住。无论如何，这款引擎自version 1.1.5起可用，并且将作为版本1.2在CRAN上。

现在，您可以指定块选项engine='Rscript'和engine.path='path/to/the/desired/Rscript'。

对于大型的性能比较，我觉得阿里B.弗里德曼建议在上面的注释是一个更好的方式去。如果您有许多代码块进行比较，那么键入引擎路径将非常繁琐。