如何在python中以某个角度“降低”图形

我目前正在编写“正在做”的程序，并绘制DNA样本的相位分析，并且出现了一些问题：Output plot HERE!右侧的图像来自MATLAB并且是它应该如何看起来的例子。左边的图像是从我的程序输出的。正如你所看到的蓝色图形看起来是正确的，但它是在不同的角度。我检查过代码，它和我的程序的MATLAB版本基本相同。无论如何，我会把它放在这里，也许有一个我不知道的错误。但如果不是这样，是否有一种“转向/降低”的方式将图形展示到正确的位置？如何在python中以某个角度“降低”图形

Python代码在这里：

def listIni(size, const=0): 
    return [const] * size 

seq = SeqIO.read("C:/ec.fasta", "fasta") 
seqString = seq.format("fasta") 
seq = seqString[72:] 
seqLen = len(seq) 

phase = listIni(seqLen) 
A = complex(1, 1) 
T = complex(1, -1) 
C = complex(-1, -1) 
G = complex(-1, 1) 

RNL = range(0, seqLen) 
ntLoc = np.asarray(RNL) 


for i in RNL: 
    if seq[i] == "A": 
     phase[i] = np.angle(A) 
    elif seq[i] == "T": 
     phase[i] = np.angle(T) 
    elif seq[i] == "C": 
     phase[i] = np.angle(C) 
    else: 
     phase[i] = np.angle(G) 

arrPh = np.asarray(phase) 
unwrapedPh = np.unwrap(arrPh) 
cumulatedPh = np.cumsum(arrPh) 


plt.plot(ntLoc, unwrapedPh, label='uPhase', color='red') 
plt.plot(ntLoc, cumulatedPh, label='cPhase', color='blue') 
plt.xlabel("Relative nt location") 
plt.ylabel("Angle") 
plt.show()

来源

2017-11-18 Filip Najbr

我只是想通了。除了使用“手动加载顺序”正如我在这部分代码做的：

seq = SeqIO.read("C:/ec.fasta", "fasta") 
seqString = seq.format("fasta") 
seq = seqString[72:] 
seqLen = len(seq)

我只是用内置的“功能”在Biopython是这样的：

record = SeqIO.read("C:/ec.fasta", "fasta") 
sequence = record.seq

和一切工作，因为它应该。为什么它仍然是个谜。无论如何感谢您的另一个想法和答复alexblae！

来源

2017-11-19 16:55:43

我认为问题出在np.angle定义。

在你的代码中，我们有

angle('A') -> pi/4 
angle('T') -> -pi/4 
angle('G') -> 3pi/4 
angle('C') -> -3pi/4

如此明显的累积和将减少为负角度。我想您更希望下面的映射：

angle('A') -> pi/4 
angle('T') -> 7pi/4 
angle('G') -> 3pi/4 
angle('C') -> 5pi/4

一个quick'n'dirty外观图释是

for i in RNL: 
    if seq[i] == "A": 
     phase[i] = np.angle(A) 
    elif seq[i] == "T": 
     phase[i] = np.pi-np.angle(T) 
    elif seq[i] == "C": 
     phase[i] = np.pi-np.angle(C) 
    else: 
     phase[i] = np.angle(G)

但是这真的取决于你想对应的基地要指出的载体。

来源

2017-11-18 15:57:02 alexblae

如何在python中以某个角度“降低”图形

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