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    计算较大DNA序列中模糊序列的出现

    我想搜索并计算在较大序列（F）内发生的小DNA序列（R）的数量，但R有几个可能是变量。我认为最简单的方法是设置R的比率并在F中将所有命中数计数在80％以上，但似乎只执行此操作的命令（例如difflib的SequenceMatcher或get_close_matches）需要使用列表才能工作。我不能把F分成任何这样的名单。有任何想法吗？ 编辑2：更多信息请求。 DNA片段（F）中存在一定数量的重复序
    python-2.7 bioinformatics fuzzy-search 2017-09-27

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    剧情可变总和

    我有这样（来自DNA测序）数据： read.lengths = c(100, 100, 200, 250, 300, 400, 400, 500, 500) 每个长度仅仅是一个数字的在读取DNA碱基。给定任意数量的分箱，绘制读取长度与计数的直方图非常简单。 ggplot(data.frame(read.lengths)) + geom_histogram(aes(x = read.length
    r ggplot2 bioinformatics 2017-09-28

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    如何在python中以某个角度“降低”图形

    我目前正在编写“正在做”的程序，并绘制DNA样本的相位分析，并且出现了一些问题：Output plot HERE!右侧的图像来自MATLAB并且是它应该如何看起来的例子。左边的图像是从我的程序输出的。正如你所看到的蓝色图形看起来是正确的，但它是在不同的角度。我检查过代码，它和我的程序的MATLAB版本基本相同。无论如何，我会把它放在这里，也许有一个我不知道的错误。但如果不是这样，是否有一种“转向/
    python matplotlib signal-processing bioinformatics analysis 2017-11-18

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    解析VCF文件的INFO字段

    请帮我解析一个VCF文件。我正在粘贴一个真实的例子。 输入： 1 1014143 rs786201005 C T . . RS=786201005;RSPOS=1014143;dbSNPBuildID=144;SSR=0;SAO=1;VP=0x050068000605000002110100;GENEINFO=ISG15:9636;WGT=1;VC=SNV;PM;PMC;NSN;REF;ASP;L
    linux bash awk sed bioinformatics 2017-10-08

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    进入特征的DNA序列

    我有一个数据集包含DNA序列，我想将它们转换成数字表示。本文件中： 这是什么过程（转变），我想搜索一下吗？ 如何在python中应用它？ 它可以作为一个大数组，作为数据集输入吗？
    python bioinformatics dna-sequence 2017-10-09

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    将文件分配给对方

    我想分配两个文件作为输入文件。下面一个例子： directory1 AB001.txt AB002.txt AB003.txt .... directory2 AB001.fasta AB002.fasta AB003.fasta .... 所以，我要遍历超过5000 * .txt文件与相应的* .fasta文件（总是相匹配的前缀）。所有* .txt文件应该执行的命令是：
    shell loops bioinformatics 2017-10-10

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    修改代码，以便它可以从文件中读取，并产生相应的输出

    我想如下修改如下程序： 第一行包含蛋白质的名称和计数随后的这种蛋白质的输出线（如N） 接下来的N行中的每一行都包含一个匹配信息：GBoxes的位置和实际匹配（记住存在扰动和X的即通配符，允许）。 脚本： import csv import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # all G boxes def match(x,y):
    python python-2.7 python-3.x bioinformatics 2017-10-11

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    将for循环的输出添加到列表中

    我已经看过以前提过的关于在列表中保留'for循环'输出的问题，但我似乎无法将其应用于我的函数。 也许有人可以给我一个关于我做错了什么的线索。 dna_seqs <- list('id1', 'ATGGCAATAACCCCCCGTTTCTACTTCTAGAGGAGAAAAGT', 'id2', 'TCCGTTAAGATATTCTTACGTGTGACGTAGCTATGTATTTTGCAGAGCTGGC
    r bioinformatics 2017-10-12

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    Weblogo - 硒字母

    我要生成硒代半胱氨酸的标志，但是当我选择的选项与reduced_protein_alphabet我得到错误“但却难免重复字母” weblogo -f sc.txt -D fasta -o sc_logo -F pdf -a reduced_protein_alphabet -s large -n 100 -c chemistry
    console bioinformatics biopython 2017-10-18

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    snakemake是用于处理输出中介工作流程的正确工具

    我是新手，尝试使用snakemake（上周左右），以便处理较少的工作流细节，以前我编写了自己的特定工作流程通过python。 我生成了一个小工作流程，其中的步骤之间将使用Illumina PE读取并运行Kraken对他们。然后，我会解析Kraken输出的输出，以检测最常见的物种（在一组允许范围内），如果没有提供物种值（使用snakemake运行-s test.snake --config R1_r
    bioinformatics snakemake 2017-10-19
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