如何在尝试打开HDF5文件之前测试数据集是否存在于HDF5文件中？

我有以下片断工程确定，但如果数据集“测试”并不在HDF5文件，该文件是存在产生不必要的错误，事实上，有效的情况下：如何在尝试打开HDF5文件之前测试数据集是否存在于HDF5文件中？

library(rhdf5) 
test_data <- h5read('test.h5', 'Test') 
if (exists('test_data')) { 
    # then read the data 
    df_test <- as.data.frame(t(test_data)) 
    # work with df_test 
}

和R输出错误如果数据集不存在：

Error in h5read('test.h5', 'Test') : 
    Object Test does not exist in this HDF5 file. 
Execution halted

我想优雅地处理这个没有R过程吐出零星的错误。

来源

2013-09-23 Giovanni Azua

也许使用'trycatch'？我怀疑你的一部分混乱是'h5read'是函数它正在寻找'Test'，所以如果它失败了，那么'test_data'甚至会被创建。 –

事实上，使用trycatch优雅地解决了我的OP问题。你能否提供一个基于trycatch的高质量答案，我会接受？第一行替换为：tryCatch（test_data < - h5read（'test.h5'，'Test'），error = function（e）{print（''Test'datat not found“）}）'其余的代码保持不变，因为'exists'函数将完成它的工作。 –

OK，我想，根据您的意见，这是你想要的行：

让我们假设你已经输入的文件名作为参数，所以：

nextfile<- 'test.h5' 

tryCatch(test_data <- h5read(nextfile, 'Test'), error = function(e) { print(paste("'Test' dataset not found in ",nextfile)) })

然后你会知道哪些文件失败。（大概你有一个类似的机制设置来存储每个文件在不同的“test_data”或列表变量的一个元素test_data[[j]]

来源

2013-09-23 15:50:26

如何在尝试打开HDF5文件之前测试数据集是否存在于HDF5文件中？

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