如何将CI晶须添加到稀疏曲线

我需要制作一些稀疏曲线，并希望它们在置信区间条的边缘显示晶须，而默认情况下仅显示没有晶须的条纹：如何将CI晶须添加到稀疏曲线

library(vegan) 
data("dune") 
result <- specaccum(dune) 
plot(result, lwd=2)

默认稀疏曲线

我试着使用arrows FUNC添加一些晶须但specaccum函数的结果只包含标准偏差。所以我结束了一半的工作：

samples <- result$sites 
error <- result$sd 
richness <- result$richness 
arrows(samples, richness-error, samples, richness+error, angle=90, code=3, length=0.05)

与SD晶须

从我所搜索的内容，负压曲线，最常见的方法是转换将置信区间放入阴影区域（使用参数），然后将boxplot添加到绘制曲线。但是，这导致了我宁愿避免的非常繁忙的图像。

有没有人有更优雅的解决方案？

来源

2017-07-28 Pedro Rocha

您忘记了乘数（请参阅?plot.specaccum中的参数ci）。你画的是〜68％的置信区间。乘以2（ci = 2）给出了大约95％的置信区间，这是默认绘制的plot.specaccum。

包括你使用

plot(result) 
with(result, arrows(sites, richness - (2 * sd), sites, richness + (2 * sd), 
        angle = 90, code = 3, length = 0.05))

代码的修改（默认）乘数我们得到：

可以忽略警告;最后绘制的数据点的标准误差为零

> result$sd 
[1] 2.3510636 1.8763851 1.5722711 1.4469584 1.3901594 1.3530349 1.3164796 
[8] 1.2749034 1.2282010 1.1763410 1.1193437 1.0564537 0.9874094 0.9115998 
[15] 0.8286890 0.7380921 0.6333903 0.5139710 0.3570714 0.0000000

和arrow()只是警告你，它不会画一个长度为0的箭头。

来源

2017-07-28 21:05:12

很高兴看到我接近达成解决方案。干杯！ –

目前我们使用'segments'来绘制误差线。我们可以切换到箭头（...，code = 3，angle = 90）'，但这需要添加参数'ci.len'来设置垂直结束条的长度（默认'ci.len = 0'）。这会是可取的吗？ –

你可以尝试添加plotCI积：

library(vegan) 
library(plotrix) 
data("dune") 
result <- specaccum(dune) 

plot(result) 
plotCI(result$sites,result$richness,result$sd*2,err="y", lwd=2,add=TRUE, pch=NA)

我承认这也不是最优雅的选项，以及，但它的工作原理。

来源

2017-07-28 19:26:38 Ulluchu

不是最优雅的，但它做到了！非常感谢！ –

的素食主义者库中github现已绘制的短横条的误差条与参数ci.length的选项。默认值为零（无横条）以保留旧的行为。

来源

2017-08-03 06:12:07

如何将CI晶须添加到稀疏曲线

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