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    RStudio中的稀疏曲线。如何将标签添加到行尾？

    我使用R来做一个简单的rarecurve，它使一个很好的图形，我可以颜色和添加标签的轴或标签。但我无法展示剧情标签。 有人帮忙吗？ 下面是我开始。 library(vegan) rarecurve(orders, step=1, xlab="Individuals", ylab="Orders") 当我改变图形 rarecurve(orders, step=1, xlab="Individu
    r vegan 2017-10-20

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    R - 素食套餐。 metaMDS错误

    我想知道为什么即时得到这个错误运行metaMDS： '通讯' 具有负的数据： 'autotransform'， 'noshare' 和 'wascores' 设置为FALSE 我想要做NMDS和树状图，但是可以用上面的错误来做。 我的数据集可供下载，如果有人想检查DATASET。导入数据后，我转置了列和行。之后，在尝试运行metaMDS之前，我用O替换了NA值。 abundance <- read
    r vegan 2017-10-20

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    ANOSIM与cutree分组

    我想要做的是一些组合的数据定义分组的ANOSIM看分组是否彼此显著不同，以类似的方式，以这个例子代码： data(dune) data(dune.env) dune.dist <- vegdist(dune) attach(dune.env) dune.ano <- anosim(dune.dist, Management) summary(dune.ano) 然而，在我自己的数据中
    r cluster-analysis hierarchical-clustering vegan hclust 2017-09-14

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    如何使用R的素食包中的specaccum（）指定排列的子集/样本编号

    我有一个社区矩阵（物种为列，样本为行），我想从中生成物种积累曲线（SAC） specaccum（）和fitspecaccum（）函数在R的纯素包中。为了使样本X的结果SAC和累积物种丰富度在各地区之间具有可比性（每个地区有1个社区矩阵），我需要在每个地区选择相同数量的样本集。我的问题是有些地区的套数比其他地区多。我希望将样本大小限制为区域内的最小集合数（在本例中，最小集数为45，因此我希望spec
    r vegan 2017-09-15

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    如何将CI晶须添加到稀疏曲线

    我需要制作一些稀疏曲线，并希望它们在置信区间条的边缘显示晶须，而默认情况下仅显示没有晶须的条纹： library(vegan) data("dune") result <- specaccum(dune) plot(result, lwd=2) 默认稀疏曲线 我试着使用arrows FUNC添加一些晶须但specaccum函数的结果只包含标准偏差。所以我结束了一半的工作： samples
    r plot vegan 2017-07-28

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    如何通过采样点来绘制稀疏地块？

    我的问题的简化版本： 我有一个OTU表，其中60个采样点（每个都有丰富的各种OTU）跨越三个站点：A，B和C.每个站点有20个采样。 我想绘制每个站点的稀疏曲线：A，B和C.我想看看站点平台的曲线是否检查每个站点是否有足够的序列。 目前，我这样做： raremax <- min(rowSums(otu.table)) rarecurve(otu.table, sample = raremax)
    r bioinformatics vegan qiime 2017-08-02

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    由元数据（素食包）着色稀疏曲线（phyloseq包）

    第一次问题提交在这里。我无法在其他帖子中找到这个问题的答案（爱堆栈交换，顺便说一句）。 无论如何... 我通过素食包创建了一个稀疏曲线，并且我得到了一个非常混乱的情节，在情节底部有一个非常粗的黑色条，遮蔽了一些低多样性样本行。 理想情况下，我想用我所有的线条（169;我可以将其减少到144）生成一个情节，但制作一个复合图形，按样本年绘制颜色，并为每个池塘制作不同类型的线条（即：2个样本年：2016
    r vegan phyloseq 2017-11-11

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    R素食物种分数与物种与轴的引物Spearman等级相关性有何区别？

    在约束排序分析中，如CAP或dbRDA，研究人员通常想知道多少不相似性归因于特定物种。在Primer PERMANOVA,Spearman rank或Pearson correlations物种的轴是一个选项，提供了物种组合之间的差异，使用CAP或RDA时物种组合之间的差异的估计。在R中，vegan提供了不同的度量，称为物种分数，其可以被计算为但是没有仔细考虑潜在的缺点https://github
    r vegan rda primer3 2017-10-04

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    pts [groups == i，drop = FALSE]错误：（下标）逻辑下标太长 - with betadisper（）

    尊敬的亲爱的互联网社区！ 我试图从vegan {}使用betadisper（）函数，当我遇到一个非常新的问题。我得到的错误是： Error in pts[groups == i, , drop = FALSE] : (subscript) logical subscript too long 所以，我想我会通过google搜索它检查的问题，我已经看到了相关的同类问题的几个帖子。我
    r vegan 2017-08-23

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    加载素食主义者图书馆时出错

    我安装了素食主义者的新版本（和排列，它似乎不适用于我的旧版本），但我无法再加载该图书馆。 我得到这个错误（抱歉消息的法国部分）： 错误dyn.load（文件的DLLPath = DllPath的，...）： 不可能去充电器L'OBJETpartagé（翻译：不可能加载共享对象） '/Users/Lise/Library/R/3.1/library/vegan/libs/vegan.so'： dlo
    r vegan 2017-10-17
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