2012-11-20 70 views
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我正在A R脚本,它使用gplots库。因此,在脚本的某个点安装GDATA失败(在64位Linux)

library(gplots) 

被调用。这使用的是32位Linux操作系统中的伟大工程(Linux上的3.2.0-33 - 仿制PAE 52 Ubuntu的SMP的i686的GNU/Linux,Ubuntu的12.04)。
然而,我试图在64位机器上运行的脚本(Linux的SIM 2.6.38-15服务器66的Ubuntu SMP x86_64的GNU/Linux的; Ubuntu的11.04),现在它抛出错误:

Error in library(gplots) : there is no package called 'gplots' 
Calls: generateHeatmap -> library 
Execution halted 

所以当我尝试安装gplots它提出了另一个错误:

> install.packages('gplots', type="source", dependencies=T) 
ERROR: dependency ‘gdata’ is not available for package ‘gplots’ 
* removing ‘/home/schaller/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/gplots’ 
... 

因此,我试图安装GDATA:

>install.packages('gdata', type="source", dependencies=F) 
Installing package(s) into ‘/home/schaller/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Warning message: 
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : 
    package ‘gdata’ is not available 

我在网上搜索了可能的解决方案。我找不到任何。但是,我读到在64位模式下当前R版本中的gdata已损坏。有人发布补丁回购[1],但我不能用这个回购安装gdata。 那么这意味着现在没有可能在64位机器上使用这个包?

[1] - https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-April/236966.html

进一步信息:R t版本2.12.1


解答:更新R-基地固定的问题的当前版本。

+2

我会更新R键当前版本开始。最好使用R的Ubuntu软件包(参见[这里的说明](http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README))。 – January

回答

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你应该能够只是做

$ sudo apt-get install r-cran-gplots 

后两者gdatagplots从Ubuntu的安装回购。

你当然也可以用你喜欢的任何包管理前端。