如何在Windows上使用R安装和使用MPI

我已经从网上下载了一个R脚本，表明它“必须在MPI环境下运行”。现在我对MPI几乎一无所知，除了它用于并行计算之外，很难找到一个关于如何设置和使用它的简单教程。如何在Windows上使用R安装和使用MPI

有人可以给我一个简单，一步一步指导我应该安装什么来运行这个，我应该怎么做，以及如何运行脚本？

在此先感谢。

编辑，这里是我的尝试：

我安装Microsoft MPI
我安装和R中加载的RMPI包

具体问题：

> # number of available slots is passed via environment variable 
> slots <- as.integer(Sys.getenv("NSLOTS"))

给NA_integer_。

如果我用下面的（即我更换Sys.getenv（有一些标 “NSLOTS”））

> slots <- as.integer(4) 
> cl <- snow::makeMPIcluster(slots)

我得到的错误

错误mpi.comm.spawn （slave = mpitask，slavearg = args，nslaves = count，：其他MPI错误，错误堆栈： MPI_Comm_spawn（cmd =“C：/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/Rscript.exe”， argv = 0x0000000009A12CA8，maxprocs = 4，MPI_INFO_NULL，root = 0， MPI_COMM_SELF，intercomm = 0x0 00000000A2FF8B0，错误= 0x00000000100E3C70）失败没有实现

功能，所以我怀疑我没有正确配置我的MPI环境。

来源

2015-05-03 dreamer

你必须有你的系统上安装MPI。您可以通过R软件包连接到它，包括“默认”的'parallel'软件包。参见小插曲[这里]（https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/parallel/doc/parallel.pdf）。 –

@RomanLuštrik谢谢你:)。脚本确实使用了'parallel'，所以我在R中安装了这个包。我应该在我的系统上正确安装哪些MPI包？那是Open MPI吗？我在网站上看到，你只能下载一些'tar.gz'文件，我该如何安装？除了我需要做的还有其他事情吗？再次感谢：）！ – dreamer

是的，OpenMPI是您可以使用的MPI程序之一。你将不得不自己编译程序，或者找到一个预编译的二进制包。 –

-1

尝试此行，...

> require(parallel) 
> nCores <- 8 # manually for non-cluster machines 
> cl <- makeCluster(nCores) # by default this uses the PSOCK mechanism as in the SNOW package

来源

2016-03-06 18:51:19 allen

如何在Windows上使用R安装和使用MPI

回答

相关问题