检索的卡方检验蒙特卡罗模拟值

Question

我试图绘制的卡方test.In R中的零分布是可行的做蒙特卡罗模拟使用代码来获得经验p值：

chisq.test(d,simulate.p.value=TRUE,B=10000) 

但它不返回分布图。有没有办法让R返回测试的模拟值？

Answer 1

如果你看一下函数定义chisq.test（左右线capture.output(chisq.test) 56）你会来模拟部分：

if (simulate.p.value && all(sr > 0) && all(sc > 0)) { 
     setMETH() 
     tmp <- .Call(C_chisq_sim, sr, sc, B, E) 
     STATISTIC <- sum(sort((x - E)^2/E, decreasing = TRUE)) 
     PARAMETER <- NA 
     PVAL <- (1 + sum(tmp >= almost.1 * STATISTIC))/(B + 
      1) 
    } 

这是调用C函数。首先生成一些假数据

## Some data 
x <- as.table(rbind(c(762, 327, 468), c(484, 239, 477))) 
dimnames(x) <- list(gender = c("F", "M"), 
       party = c("Democrat","Independent", "Republican")) 

然后抓住一点，你需要

sr <- rowSums(x) 
sc <- colSums(x) 
n <- sum(x) 
E <- outer(sr, sc, "*")/n 
v <- function(r, c, n) c * r * (n - r) * (n - c)/n^3 
V <- outer(sr, sc, v, n) 
dimnames(E) <- dimnames(x) 
B = 2000 
tmp <- .Call(stats:::C_chisq_sim, sr, sc, B, E) 
STATISTIC <- sum(sort((x - E)^2/E, decreasing = TRUE)) 
almost.1 <- 1 - 64 * .Machine$double.eps             
PVAL <- (1 + sum(tmp >= almost.1 * STATISTIC))/(B + 1) 

变量tmp包含所需的输出。的

chisq.test(x, simulate.p.value = T, B=2000)$p.value 

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注输出我使用:::变量PVAL比赛，因为函数C_chisq_sim不是从统计出口。