我想在Ubuntu软件中心中为Windows编写一些GUI程序。我使用的几个外部命令行工具，我与在Python和Ubuntu中调用命令行工具
os.system(cmd)
叫不，我想知道我怎么能在Linux下（Ubuntu的）做到这一点。我必须使用哪个相应的文件？在Windows中，该工具只能在我的程序的一个文件夹中访问，但未安装，它是否能以与Linux相同的方式工作？
我需要的工具都是生物信息学的，primer3,blast,bowtie。
任何帮助非常感谢！
在Linux上，你通常打包的应用程序，使他们能够使用系统软件包管理器进行安装（例如，.deb文件基于Debian的发行版，包括Ubuntu和.rpm红帽）。原因之一（很多）你为什么要这样做是依赖管理 - 你可以告诉你的软件包中的软件包管理器，它依赖于哪些其他软件包，以便它们可以安装，如果它们不是。你可以使用setuptools这样做，这里有很多资源。在这种情况下，您可以期望将命令行工具安装在系统范围内，并且可以从应用程序调用它们。
如果这是不可能的，甚至可以包含所需工具的源代码，并为用户提供如何编译它们（如果需要，在您的应用程序目录中）的说明。对于大多数现代分布来说，这是一个相当无痛的过程，但并不是最佳实践。
另注：os.system阻塞，它产生一个新的进程，并等待其退出。您无法轻松获取stdout或stderr输出或与其交互。您应该查看subprocess模块（它是Python标准库的一部分）或envoy（第三方模块），它为子进程模块提供了一个简化的（可以说是）更强大的接口。
如果你想“自动化”命令行工具，pexpect让你的生活更轻松。
如果在Ubuntu命令行中键入'primer3'，'blast'或'bowtie'，那么'os.system'（或更有能力的'subprocess'）将按预期工作。是否有你不想“安装”二进制文件的原因？ – Lenna 2012-07-26 17:56:09
用户在不知道的情况下安装多个程序并不是很好，我想。而且我也不知道如何通过Python安装它。我敢肯定不想要求用户另外安装3个工具。有更容易的方法吗？ – snowflake 2012-07-26 18:02:59
如果用户想要在Ubuntu上安装生物信息学GUI，他们可能不是命令行工具的用户吗？绝对将它们标记为依赖项，Ubuntu软件中心将通知用户并自动进行安装。 – Lenna 2012-07-26 18:06:37