R基于SOCKet的集群

Question

我正在尝试使用R snow软件包建立SOCKet集群。

我有机会获得5台机器的IP地址： xxx.xxx.xx.x1 xxx.xxx.xx.x2 xxx.xxx.xx.x3 xxx.xxx.xx.x4 XXX。 xxx.xx.x5

As in this question，我已成功将公钥复制到这些机器，以便无密码身份验证起作用。从R内，这个作品

library(parallel) 
library(snowfall) 
for (i in seq.int(5)) system(print(paste('ssh ', 'root@xxx.xxx.xx.x', i, ' date', 
            sep = ''))) 

但是，这个挂起。

sockCluster = makeSOCKcluster(c('root@xxx.xxx.xx.x1', 
        'root@xxx.xxx.xx.x2', 
        'root@xxx.xxx.xx.x3', 
        'root@xxx.xxx.xx.x4', 
        'root@xxx.xxx.xx.x5')) 

我错过了什么？

Answer 1

我很困惑，你说你正在使用snow包，但示例加载parallel和snowfall。这可能与您的问题有关，但也存在如何指定远程用户的问题。

Snow始终使用ssh -l选项，其值为user选项，该选项的默认值为Sys.info()["user"]。有可能makeSOCKcluster失败，因为用户被指定为两种方式，但这让我感到惊讶。我建议你尝试只指定user选项：

library(snow) 
sockCluster <- makeSOCKcluster(c('xxx.xxx.xx.x1', 
        'xxx.xxx.xx.x2', 
        'xxx.xxx.xx.x3', 
        'xxx.xxx.xx.x4', 
        'xxx.xxx.xx.x5'), user='root')