2017-05-09 53 views
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克隆我只是克隆一个工作miniconda环境carnd-term1-gpu是有tensorflow与GPU使用tensorflow版本“0.12.1”工作。该环境安装了很多其他python软件包。我想升级到最新版本tensorflow的,所以我做了以下基于tensorflow Ubuntu:)克隆的现有工作环境在克隆畅达环境安装tensorflow打破畅达环境它是从

1为tflow

conda create --name tflow --clone carnd-term1-gpu 

这成功完成。

2)源激活TFLOW并安装使用PIP

source activate tflow 
(tflow) [email protected]:~$ pip install --ignore-installed --upgrade https://storage.googleapis.com/tensorflow/linux/gpu/tensorflow_gpu-1.1.0-cp35-cp35m-linux_x86_64.whl 

现在,我尝试运行旧的环境假设,它不应该被改变。

source activate carnd-term1-gpu 
ipython 

然后从IPython中提示符下键入import numpy as np并得到如下:

--------------------------------------------------------------------------- 
ImportError        Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-1-4ee716103900> in <module>() 
----> 1 import numpy as np 

/home/ai/miniconda3/envs/carnd-term1-gpu/lib/python3.5/site-packages/numpy/__init__.py in <module>() 
    140   return loader(*packages, **options) 
    141 
--> 142  from . import add_newdocs 
    143  __all__ = ['add_newdocs', 
    144    'ModuleDeprecationWarning', 

/home/ai/miniconda3/envs/carnd-term1-gpu/lib/python3.5/site-packages/numpy/add_newdocs.py in <module>() 
    11 from __future__ import division, absolute_import, print_function 
    12 
---> 13 from numpy.lib import add_newdoc 
    14 
    15 ############################################################################### 

/home/ai/miniconda3/envs/carnd-term1-gpu/lib/python3.5/site-packages/numpy/lib/__init__.py in <module>() 
     6 from numpy.version import version as __version__ 
     7 
----> 8 from .type_check import * 
     9 from .index_tricks import * 
    10 from .function_base import * 

/home/ai/miniconda3/envs/carnd-term1-gpu/lib/python3.5/site-packages/numpy/lib/type_check.py in <module>() 
     9   'common_type'] 
    10 
---> 11 import numpy.core.numeric as _nx 
    12 from numpy.core.numeric import asarray, asanyarray, array, isnan, \ 
    13     obj2sctype, zeros 

/home/ai/miniconda3/envs/carnd-term1-gpu/lib/python3.5/site-packages/numpy/core/__init__.py in <module>() 
    51 from . import shape_base 
    52 from .shape_base import * 
---> 53 from . import einsumfunc 
    54 from .einsumfunc import * 
    55 del nt 

ImportError: cannot import name 'einsumfunc' 

我还以为是通过克隆一个单独的环境,只有改变这种环境的保护,但它似乎安装在一个环境改变在其他环境中的行为。正是我以为我在逃避!出了什么问题,我该如何解决这个问题?到目前为止,新的环境似乎很好。

我检查在两种环境下的文件日期。该carnd-term1-gpu环境有这样的日期是,我没有在tflow环境升级当天的文件。关于如何发生的任何想法?

我试着将缺失的文件einsumfunc.py添加到我的carnd-term1-gpu环境中,并再次启动了Ipython。这一次当我做了import numpy as np一个不同的文件无法导入。所以它看起来像我的carnd-term1-gpu环境已损坏。

为每个环境比较conda list,并只在numpy看,我看到以下内容: 对于tflow环境:

numpy      1.11.3     <pip> 
numpy      1.12.1     <pip> 
numpy      1.11.3   py35_blas_openblas_200 [blas_openblas] conda-forge 

并为carnd-term1-gpu环境:

numpy      1.11.3     <pip> 
numpy      1.11.3   py35_blas_openblas_200 [blas_openblas] conda-forge 

我然后使用看着修订conda list --revisions。两种环境都只显示一个rev 0的修订版。同样看着conda-meta/history只显示1月13日为carnd-term1-gpu和5月9日为tflow原来的创建日期。所以这个版本PIP的组合:

pip      9.0.1     py35_0 conda-forge 

这个轮组合:

https://storage.googleapis.com/tensorflow/linux/gpu/tensorflow_gpu-1.1.0-cp35-cp35m-linux_x86_64.whl 

某种程度上破坏环境carnd-term1-gpu。这好像是一个错误,或者我从某种方式从tensorflow网站得到了一个损坏的轮子?如果是后者,它会如何破坏与安装的环境不同的环境? 注意pip版本在两种环境中都是相同的。

我做了以下调查在安装日期更改了哪些文件。

find /home/ai/miniconda3/envs/carnd-term1-gpu/ -type f -newermt 2017-05-09 -ls | wc -l 

这表明669个文件被创建/修改。其中大部分在/site-packages/numpy/,但six.py,pyparsing.py,/setuptools/,,easy_install.py,/werkzeug/也受到影响。

conda --version是4.2.12

我尝试了以下让我的老环境再下去。

conda env export > environment.yml 
conda env create -f environment.yml -n sdc-gpu 

这导致了以下错误:

Could not import setuptools which is required to install from a source distribution. 
Traceback (most recent call last): 
    File "/home/ai/miniconda3/envs/sdc-gpu/lib/python3.5/site-packages/pip/req/req_install.py", line 387, in setup_py 
    import setuptools # noqa 
    File "/home/ai/miniconda3/envs/sdc-gpu/lib/python3.5/site-packages/setuptools/__init__.py", line 12, in <module> 
    import setuptools.version 
    File "/home/ai/miniconda3/envs/sdc-gpu/lib/python3.5/site-packages/setuptools/version.py", line 1, in <module> 
    import pkg_resources 
    File "/home/ai/miniconda3/envs/sdc-gpu/lib/python3.5/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 70, in <module> 
    import packaging.version 
ImportError: No module named 'packaging' 

CondaValueError: Value error: pip returned an error. 
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哪个版本的conda是这样的?共享输出为'conda --version' –

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我在帖子结尾处添加了conda版本。 4.2.12 –

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请问您可以尝试更新conda版本到4.3.17并查看问题是否依然存在? 'conda update conda' –

回答

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我刚从continuum以下; “为了避免这种情况发生,您必须在克隆操作中使用--copy标志。conda设计的核心是广泛使用硬链接,这个确切问题是最大的缺陷之一。

所以,如果我做了以下当我第一次克隆的环境,我本来可以避免破坏旧:

conda create --name tflow --copy --clone carnd-term1-gpu

选项--copy Install all packages using copies instead of hard- or soft-link‐ing将防止PIP从能够覆盖文件。

这件事,怎么可能在将来得到解决一些正在进行的讨论是在这里:conda pip breaks

我有一个恢复的唯一的选择是重新安装损坏的每一个包。小心当与conda使用点...