循环遍历R中某个目录中的所有文件

这是我第一次使用R，我只需要输入一些包含一些文件的包并将输出保存在其他文件中。我有一个目录，其中有一些带有“.pdb”文件扩展名的文件。我需要在for循环中遍历每个文件，应用一些函数，并将每个文件的输出保存在一个文件中，以后我可以在Matlab中使用它。循环遍历R中某个目录中的所有文件

这些是我希望应用于每个.pdb文件的函数。

p=extractPDB("1HXH.pdb") 
cm<-build.contacts(n=p$lca,xyz=p$coords,cuts=169)$cm

cm是我想保存在一个文件中的输出矩阵，以后在Matlab中使用。

来源

2015-09-10 user5254998

你已经试过了什么？为什么它不起作用？从小处着手：你将如何处理一个文件？你如何导出它？如果你能做到这一点，看看你如何找到目录中的所有文件（提示：'list.files'）并重复你的操作。 – Heroka

如果'.pdb'文件是'Protein Data Bank'，您可以使用[readpdb]（http://it.mathworks.com/help/bioinfo/ref/pdbread.html）函数直接在MatLab中打开它们 –

使用特定扩展名的文件循环很容易。其实你循环的文件名。

获得目录中的所有文件的列表
只获取PDB结尾的文件
碾过名

了循环，你可能需要更改使用setwd

工作目录

all.files <- list.files() 
my.files <- grep(".*pdb", all_files, value=T) 
for(i in my_files){ 
    # do your operations here 
    p=extractPDB("1HXH.pdb") 
    cm<-build.contacts(n=p$lca,xyz=p$coords,cuts=169)$cm 
    # save 
    output.filename <- gsub("(.*?).pdb", "\\1.csv", i) 
    write.table(cm, output.filename) 
}

保存文件有很多选项，用于读取matlab文件，可能是最好的将矩阵保存为csv文件。查看write.table的文档并调整参数，以便阅读。

来源

2015-09-10 10:55:50 snaut

循环遍历R中某个目录中的所有文件

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