S4对象深度复制

Question

为了更加清晰，我附上了以下代码：我有一个名为grid的S4对象矩阵，每个对象都有一个状态和一个hashmap，如类定义中所示。

cell <- setClass(
    # Set the name for the class 
    "cell", 

    # Define the slots 
    slots = c(
    state = "numeric", 
    code = "hash" 
), 

    # Set the default values for the slots. 
    prototype=list(
    state = 1 
) 
) 

setGeneric(name="copy_cell", 
      def= function(x, y){ 
      standardGeneric("copy_cell") 
      }) 

setMethod(f = "copy_cell", signature = "cell", 
      definition = function(x, y) { 
      x@state = y@state 
      x@code = copy(y@code) 

      }) 

grid <- matrix(sapply(1:(20*20), function(x){ 
    new("cell", 
     state = ifelse(runif(1)<= 0.5, 3, 1), 
     code = hash()) 
}), 20, 20) 

我想复制这个网格的内容到nextgrid。因为该对象包含一个散列表（它是一个通过引用传递的环境），所以一个简单的：nextgrid = grid将不会这样做。我做了对单独创建的细胞工程的功能：

cell1 = new("cell", state = ifelse(runif(1)<= 0.5, 3, 1), code = hash("a",1)) 
cell2 = new("cell") 
cell2 = copy_cell(cell2, cell1) 

，但我有一个很难实现的方式在矩阵的所有单元格应用功能。下面，我首先将网格复制到nextgrid中，以避免重新初始化另一个完整的对象矩阵，然后使用sapply。

nextgrid = grid 
sapply(grid[,], function(x) copy_cell(nextgrid[,], x)) 

我得到的错误：错误（函数（类，FDEF，mtable）：无法找到函数继承的方法“copy_cell”签字“‘矩阵’” 这我理解，因为我似乎要传递一个矩阵的功能，而不是单个细胞......但我不知道如何正确地重新写它...

我试着用R6对象重写我的类，有一个很好的克隆/深层克隆方法，但是我很难将我的矩阵切片为其他操作，所以我有点卡住了。

想法？

Answer 1

我建议使用R5参考类的拷贝构造函数。请注意，哈希映射的函数名称copy与复制构造函数的名称一致，因此“哈希”属性在参考类中非常特殊。我们可以使用eval.parent(quote(copy))作为解决方法来检索复制构造函数。

此外请注意，复制空的散列映射（即copy(hash())）失败。似乎是哈希库的一个bug（或一个特性？）。因此，我还将一个对象添加到网格条目的哈希映射中。

library(hash) 

cell <- setRefClass(
    # Set the name for the class 
    "cell", 

    # Define the slots 
    fields = list(
    state = "numeric", 
    code = "hash" 
), 

    methods = list(
    # Default constructor 
    initialize = function(state, code) { 
     .self$state = state 
     .self$code = code 
    }, 

    # Copy constructor 
    copy = function(shallow = FALSE) { 
     # Get the copy-function for hash from the parent environment 
     cp <- eval.parent(quote(copy)) 
     # do the copy 
     cell(.self$state, cp(code)) 
    } 
) 
) 


# Create cell and copy it 
cell1 = cell(ifelse(runif(1)<= 0.5, 3, 1), hash("a",1)) 
cell2 = cell1$copy() 

# Let's convince ourselves that we did a deep copy 
cell1$code[["a"]]=5 
cell2 


# Create grid and copy it 
grid <- matrix(sapply(1:(20*20), function(x){ 
    cell(ifelse(runif(1)<= 0.5, 3, 1), hash("a",1)) 
}), 20, 20) 
nextgrid = apply(grid, c(1,2), function(x) x[[1]]$copy()) 

# Let's again convince ourselves that we did a deep copy 
grid[[1,1]]$code["a"] = 5 
nextgrid[[1,1]]