在R中使用pls函数进行交叉验证

Question

我是R新手，一直试图使用下面的代码（感谢stackoverflow）来交叉验证MARS回归。执行代码时出现错误。

除了上述问题，还有一种方法可以打印交叉验证的所有结果吗？

如果有人能帮忙，我将不胜感激。

library(earth) 
library(pls) 

set.seed(1) 

k <- 10; 
result <- 0; 
folds <- cvsegments(nrow(trees), k); 

for (fold in 1 : k){ 
    currentFold <- folds[fold][[1]]; 
    fit = earth(Volume ~ ., data=trees[-currentFold,]) 
    pred = predict(fit, trees[currentFold,]); 
    result <- result + table(true=trees[currentFold,3], pred=pred) 
} 

Answer 1

由于k重交叉验证得到每箱正好一个预测（在每次运行中，您可以轻松地收集矢量（或矩阵，更多迭代/重复和/或每个案例的多个预测值）中的预测：

library(earth) 
library(pls) 
set.seed(1) 

k <- 10; 
folds <- cvsegments(nrow(trees), k); 
result <- rep (NA, nrow (trees)) 

for (fold in 1 : k){ 
    currentFold <- folds[[fold]] 
    fit = earth(Volume ~ ., data=trees[-currentFold,]) 
    result [currentFold] <- predict(fit, trees[currentFold,]); 
} 

然后你可以看一下在您的休闲结果：

> plot (trees$Volume, result) 

> head (cbind (trees, pred.Vol = result)) 
    Girth Height Volume pred.Vol 
1 8.3  70 10.3 9.701729 
2 8.6  65 10.3 10.627089 
3 8.8  63 10.2 10.737521 
4 10.5  72 16.4 16.313330 
5 10.7  81 18.8 21.297516 
6 10.8  83 19.7 22.408600 

Answer 2

收集倍的每次迭代的结果的方法是使用一个列表：

library(earth) 
library(pls) 

set.seed(1) 

k <- 10; 
resulti <- 0 
result <- vector("list", k); 
folds <- cvsegments(nrow(trees), k); 

for (fold in 1 : k){ 
    currentFold <- folds[fold][[1]]; 
    fit = earth(Volume ~ ., data=trees[-currentFold,]) 
    pred = predict(fit, trees[currentFold,]); 
    result[[fold]] <- resulti + table(true=trees[currentFold,3], pred=pred) 
} 

这纠正错误，虽然我不知道这是否会产生你想要什么。

编辑以获得表的要求，我们可以使用melt在reshape2：

对于第一result：

require(reshape2) 

df.1 <- melt(result[[1]]) 
df.1[df.1$value == 1, ]