你可以使用blastn来检查完全匹配吗？

Question

我需要知道哪些主题的查询已经匹配，哪里匹配，并且这场比赛必须是100％。有没有办法使用blastall来做到这一点？

谢谢。

Answer 1

您无法将映射准确性限制为100％，但可以使用-evalue参数提高E值的严格度，即使用非常小的E值。除此之外，即可返回对象ID或登录号以及贴图坐标，你可以使用自定义输出格式，如这样的：

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

这将会以表格的形式返回的输出与8列，其中： qacc是查询加入，sacc是受试者加入，sseqid是主体SEQ-ID，evalue被用于对准E值，qstart和qend是查询开始和用于对准和sstart和send受试者开始端贴图坐标并为对齐结束映射坐标。全部放在一起为例blastn电话：

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

blastn -help会给你自定义输出格式更多的选择。