python将一个列表写入文件不正确

我遇到了将列表写入文件的问题。我注释某些文件，将它们转换为某种格式，因此我读取序列对齐文件，将它们存储在列表中，进行必要的格式化，然后将它们写入新文件。问题是，当我的包含序列比对的列表结构正确时，将它们写入新文件时产生的输出不正确（它不会复制我的列表结构）。我只包括我的输出的一部分以及它应该是什么样子，因为列表本身太长而不能发布。python将一个列表写入文件不正确

输出写入文件：

> 
TRFE_CHICK 

From XALIGN 

MKLILCTVLSLGIAAVCFAAP (seq spans multiple lines) ... 

ADYIKAVSNLRKCS--TSRLLEAC*> (end of sequence, * should be on a newline, followed by > on a newline as well)

输出应该被写为：

> 

TRFE_CHICK 

From XALIGN 

MKLILCTVLSLGIAAVCFAAP (seq spans many lines) ... 

ADYIKAVSNLRKCS--TSRLLEAC 

* 

>

它确实在这个misformatting多次。我尝试过酸洗和取消清单，但是这会进一步造成错误。

我的用于产生的列表，并写入文件的代码：

new = [] 
for line in alignment1: 
    if line.endswith('*\n'): 
     new.append(line.strip('*\n')) 
     new.append('*') 
    else: 
     new.append(line) 

new1 = [] 
for line in new: 
    if line.startswith('>'): 
     twolines = line[0] + '\n' + line[1:] 
     new1.append(twolines) 
     continue 
    else: 
     new1.append(line) 

for line in new1: 
    alignfile_annot.write(line)

基本上，以便它的内容对准文件，插入序列的末端和*字符之间的线我已编码它和也使得ID后跟ID码总是在新的行上。这是我的列表建立的方式，但不是写入文件的方式。任何人都知道为什么错误格式？道歉的长文，我试图保持尽可能短，以使我的问题明确我运行的Python 2.6.5

来源

2011-05-21 Spyros

你能提供样本输入吗？我想你可以用更少的代码来实现这个结果。 – garnertb 2011-05-21 13:07:44

输入是一个包含多个序列比对的ASCII文件。输入如下所示：> TRFE_HUMAN ...一个非常长的序列，然后在一个新行上跟随*> TRFE_MOUSE ...另一个长序列，然后是*。代码很长，因为我需要关注很多格式细节，例如将两行分割>和TRFE_MOUSE，并将*放在换行符 – Spyros 2011-05-21 13:19:30

new.append(line.strip('*\n')) 
new.append('*')

你行的列表（新行终止每）所以你需要包括\ n作为两行，太：

new.append(line[:-2] + "\n") # slice as you just checked line.endswith("*\n") 
new.append("*\n")

记得带（或片，因为我已经改变了它）将删除换行符，所以分裂在列表中的单个项目将“... * \ n”的值代入“...”和“*”两项中，实际上会从您所拥有的版本中删除换行符riginally。

来源

2011-05-21 13:14:48

谢谢！我没有意识到我的代码是从列表中删除一个换行符，而不是插入一个换行符并追加* – Spyros 2011-05-21 13:59:26

我可以问一些其他的问题，我试图写入文件的输出包含数字的字符串，例如'48'，' 50' 。在脚本中，您通常会使用行连续字符将str（48），\ str（50）写入为48 50.如何在写入文件时重现此操作？我使用延续字符，但它不起作用。我基本上只需要该文件有行（例如）48 50。 – Spyros 2011-05-21 14:23:42

@Spyros：在Python中使用“+”来连接字符串。 – 2011-05-21 14:26:28

python将一个列表写入文件不正确

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