2017-08-27 48 views
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介绍使用芹菜分配数学处理

嗨,我是超新于一般,所以我有一个问题,可能是相当幼稚的芹菜和任务队列。

我想要一个相当大的.csv文件(将其转换为pandas DataFrame)并在所有列对上对其执行皮尔逊测试(统计数学函数)。大约需要9分钟到一个核心,我们有数百个.csv文件!

所以我想在我们的3台服务器集群上的所有内核之间划分这个处理。这里有一个原型的我的代码迄今....

from celery import Celery 
import numpy as np 
import pandas as pd 
import scipy.stats as stats 
import itertools 

app = Celery() 

minute_CSV = pd.read_csv('./test_dataframe.csv') 

cycle_length = 300 
row_max = minute_CSV.shape[0] 
r_vector_data = pd.DataFrame() 

column_combinations = itertools.combinations(minute_CSV.filter(regex='FREQ').keys(),2) 
xy_cols = list(column_combinations) 

@app.task 
def data_processing(minute_CSV, cycle_length, row_max, x, y): 
    return np.array([stats.pearsonr(minute_CSV[x][c-cycle_length:c], 
    minute_CSV[y][c-cycle_length:c])[0] for c in range(cycle_length,row_max)]) 

for i in range(0, len(xy_cols)): 
    x = xy_cols[i][0] 
    y = xy_cols[i][1] 
    r_vector_data[x + ' to ' + y] = data_processing.delay(minute_CSV, cycle_length, row_max, x, y) 

pd.DataFrame.to_csv(r_vector_data, processed_dataframe.csv) 

当我运行此我得到这个消息:

“[1200行×870列]是不是JSON序列化”

的数学

Pearson相关的工作方式如下:取300(对我来说)两个C的顺序排运行相关性并将结果存储在新的DataFrame(r_vector_data)中。这是对行进行的:(0..299),(1..300),(2..301)等等。

另外,这个脚本只考虑一个.csv文件,但稍后会被修改:)。

关于何去何从的想法?我将如何使用芹菜来完成这一任务,因为我在文档中有点迷失。

谢谢!

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