从矩阵的距离到邻接矩阵

Question

我有一个距离矩阵1024x1024与所有术语之间的所有距离。我想定义一个从此开始的图。所以我定义了一个最小生成树，并计算了它的邻接矩阵。

我的距离矩阵是distMat。

matrix_of_distances <- as.matrix(distMat) 
myGraph <- graph.adjacency(matrix_of_distances, weighted=TRUE) 

My图表是与所有可能的弧的曲线图（因为所有夫妇术语之间的距离是有限的值）。我需要的另一图表稀疏：

mst <- as.undirected(minimum.spanning.tree(myGraph)) 

从这个稀疏图我可以计算邻接的矩阵：

adjacency <- as_adjacency_matrix(mst, type = c("both", "upper", "lower"), attr = NULL, edges = FALSE, names = TRUE, sparse =igraph_opt("sparsematrices")) 

现在我想以不同的方式创建矩阵邻接，通过另一最小生成树对象。假设我已经创建了另一个生成树：

spt <- spantree(matrix_of_distances) 

如果我做的：

adjacency <- as_adjacency_matrix(spt, type = c("both", "upper", "lower"), attr = NULL, edges = FALSE, names = TRUE, sparse =igraph_opt("sparsematrices")) 

我得到的错误：

Error in as_adjacency_matrix(spt, type = c("both", "upper", "lower"), : Not a graph object

同样，我试图生成邻接矩阵从最小生成树开始。我该如何解决这个问题？

Answer 1

错误来自于您使用函数as_adjacency_matrix对类spantree的对象，当它期望igraph。

由于您使用的是igraph，所以一个简单的解决方案是使用igraph的函数mst从原始“距离图”计算最小生成树。

下面是如何spantree计算最小生成树：

require(vegan) 
data(dune) 
dis <- vegdist(dune) 
tr <- spantree(dis) 

结果是下面的树（plot(tr, type="t")）

：

你可以得到相同的结果只能用igraph功能：

library(igraph) 
g <- graph.adjacency(as.matrix(dis), weighted=TRUE) 
g_mst <- mst(g) 

，所得树是这个样子（plot(g_mst, vertex.color=NA, vertex.size=10, edge.arrow.size=0.5)）：

一旦你有你igraph树，你已经知道，您可以用功能as_adjacency_matrix将它转换为邻接矩阵：

A <- as_adjacency_matrix(mst)