有谁知道如何使用R中的magick包从16位tiff图像中获取每个通道（RGB）的像素值？目前我使用Mathematica来执行这个操作，因为我找不到在mathematica中做同样的方法。使用R中的magick包从16位tiff图像中获取像素值
我试图从image-magick包中读取像素值，结果是原始类型（例如“ff”）。我使用函数rawToNum（包“包”）将原始类型转换为数字，结果接近我在Mathematica中使用ImageDate函数获得的结果，但不完全相同。
我不知道太多关于R可言，但我想你可以“掏出”并执行一个外部命令，使用system()或诸如此类。
如果，那么，也许你可以使用它。首先，让我们做一个16位TIFF文件，是由红，蓝只有10个像素宽1个像素高梯度：
convert -size 10x1 gradient:red-blue image.tiff
现在我们可以转储像素使用文件ImageMagick的：
convert image.tiff rgb:image.rgb
# Now check its length - yes, 60 bytes = 10 pixels with 2 bytes each for RG &B
ls -l image.rgb
-rw-r--r-- 1 mark staff 60 11 Jul 10:32 image.rgb
我们还可以将数据写入stdout这样的：
convert image.tiff rgb:-
，也看它每行1个像素（6个字节）
convert image.tiff rgb:- | xxd -g 3 -c 6
00000000: ffff00 000000 ...... # Full Red, no Green, no Blue
00000006: 8de300 00721c ....r. # Lots of Red, no Green, a little Blue
0000000c: 1cc700 00e338 .....8
00000012: aaaa00 005555 ....UU
00000018: 388e00 00c771 8....q
0000001e: c77100 00388e .q..8.
00000024: 555500 00aaaa UU....
0000002a: e33800 001cc7 .8....
00000030: 721c00 008de3 r.....
00000036: 000000 00ffff ...... # No Red, no Green, full Blue
我希望你可以做这样的事情在R，有：
system("convert image.tif rgb:-")
另一个倾倒像素的方法可能与Perl一起sl the整个文件，然后解压缩包含的无符号短裤并每行打印一行：
convert image.tiff rgb: | perl -e 'my $str=do{local $/; <STDIN>}; print join("\n",unpack("v*",$str)),"\n";'
样本输出
65535 # Full Red
0 # No Green
0 # No Blue
58253 # Lots of Red
0 # No Green
7282 # A little Blue
50972 # Moderate Red
0
14563
43690
0
21845
36408
0
29127
29127
0
36408
21845
0
43690
14563
0
50972
7282
0 # No Green
58253 # Lots of Blue
0 # No Red
0 # No Green
65535 # Full Blue
看到数据的另一种方式可以使用od和awk这样的：
convert image.tiff rgb: | od -An -tuS | awk '{for(i=1;i<=NF;i++){print $i}}'
65535
0
0
58253
0
7282
50972
0
14563
43690
0
21845
36408
0
29127
29127
0
36408
21845
0
43690
14563
0
50972
7282
0
58253
0
0
65535
其中-An抑制地址的印刷，并且-tuS表示数据的类型未签名为short。
也许在ImageMagick中稍微简单一些的方法是使用txt：output格式。
用标志瑟特查的形象：
convert -size 10x1 gradient:red-blue image.tiff
使用TXT：作为
convert image.tiff txt: | sed -n 's/^.*[(]\(.*\)[)].*[#].*$/\1/p'
产地：
65535,0,0
58253,0,7282
50972,0,14563
43690,0,21845
36408,0,29127
29127,0,36408
21845,0,43690
14563,0,50972
7282,0,58253
0,0,65535
或使用TXT：包括像素坐标
convert image.tiff txt: | sed -n 's/^\(.*[)]\).*[#].*$/\1/p'
产地：
0,0: (65535,0,0)
1,0: (58253,0,7282)
2,0: (50972,0,14563)
3,0: (43690,0,21845)
4,0: (36408,0,29127)
5,0: (29127,0,36408)
6,0: (21845,0,43690)
7,0: (14563,0,50972)
8,0: (7282,0,58253)
9,0: (0,0,65535)
谢谢大家。最佳答案我发现这是由我的学生使用包光栅给出：
library(raster)
img <- stack(filename)
x <- as.matrix(raster(img, 1)) # here we specify the layer 1, 2 or 3
唯一的问题是，包光栅的功能as.matrix可从基础包的一个困惑，所以可能需要指定raster :: as.matrix。
您还可以使用magick包作为数字阵列访问像素。该示例基于包中的this vignette。
library(magick)
tiger <- image_read('http://jeroen.github.io/images/tiger.svg')
tiger_tiff <- image_convert(tiger, "tiff")
# Access data in raw format and convert to integer
tiger_array <- as.integer(tiger_tiff[[1]])
然后，如果检查的尺寸和类型，你可以：
dim(tiger_array)
[1] 900 900 4
is.numeric(tiger_array)
[1] TRUE
您是否从'tiff'包中的R试过'readTIFF'？我用它来获取tiff图像的RGB值。 –