sed正则表达式

我试图用sed代替序列末尾的三个字母代码（基本上除去），但对于多个正则表达式模式不适用。这里是sed正则表达式

GCAAAAAGTTGTATAGTCACACAACCTAGACTTATATCGTCTGCTATTCATTAG 
GCAAAAAGTTGTATAGTCACACAACCTAGACTTATATCGTCTGCTATTCATTAA 
GCAAAAAGTTGTATAGTCACACAACCTAGACTTATATCGTCTGCTATTCATTGA

当我尝试单独使用regex与sed它的工作原理

echo "GCAAAAAGTTGTATAGTCACACAACCTAGACTTATATCGTCTGCTATTCATTAG" | sed 's/TAG$//' 
echo "GCAAAAAGTTGTATAGTCACACAACCTAGACTTATATCGTCTGCTATTCATTAA" | sed 's/TAA$//' 
echo "GCAAAAAGTTGTATAGTCACACAACCTAGACTTATATCGTCTGCTATTCATTAG" | sed 's/TAG$//'

然而，当我尝试包括多个正则表达式不起作用

echo "GCAAAAAGTTGTATAGTCACACAACCTAGACTTATATCGTCTGCTATTCATTAG" | 
sed 's/(TAG$|TAA$|TGA$)//'

序列的例子

难道有人指我在哪里做错了吗？

来源

2014-05-08 upendra

您需要在sed使用正则表达式扩展开关：

sed -r 's/(TAG|TAA|TGA)$//'

或OSX：

sed -E 's/(TAG|TAA|TGA)$//'

还是这个sed的扩展没有正则表达式（不能在OSX工作，虽然）：

sed 's/\(TAG\|TAA\|TGA\)$//'

来源

2014-05-08 19:39:59 anubhava

很高兴知道不同平台上的不同选项....感谢您的帮助... – upendra

不客气@upendra，希望它可以帮助你。 – anubhava

您需要转义RE元字符|和parens。

sed 's/\(TAG$\|TAA$\|TGA$\)//'

或者您可以使用便携式选项-E来防止转义。 -E启用扩展的正则表达式，所以你的原始命令将运行没有任何问题。

来源

2014-05-08 19:40:16

谢谢@anubhava。我不知道。在工作中没有mac方便，但它确实看起来很奇怪。自从我安装了gnu-sed以来，我几乎没有使用过'bsd'变种。 GNU善良已经使我瘫痪。 '：）' –

我知道这些GNU版本会让我们很快忘掉旧的BSD :) – anubhava

谢谢jaypal ... – upendra

默认情况下，sed使用基本正则表达式，这需要转义括号和管道：

sed 's/\(TAG\|TAA\|TGA\)$//'

最近的sed版本还支持-r选项，使用扩展正则表达式：

sed -r 's/(TAG|TAA|TGA)$//'

来源

2014-05-08 19:41:14 Barmar

谢谢....下一次要记住'sed'中的特殊字符。 – upendra

不是所有的特殊字符，只是来自扩展RE的特殊字符。你不会逃避'''，'*'，'''例如。 – Barmar

Ok.got it @Barmar。 – upendra

我不要认为这会对你有帮助，但是如果你想删除最后3个字符：

sed 's/...$//'

来源

2014-05-08 19:59:46

可能不是在这种情况下，因为我上面的正则表达式是用于去除序列中的三个终止密码子（通常在序列的末尾）。但很高兴知道这个以及... – upendra

awk也可以，如果你想尝试一些其他的解决方案中使用：

awk '{sub(/(TAG|TAA|TGA)$/,"")}1' file

来源

2014-05-08 20:23:23 Jotne

非GNU的sed（或--posix选项）其中|不可

如果TGG不存在的或可列入

sed 's/T[AG][AG]$//' YourFile

如果不是

sed 's/T[AG]A$//;s/TAA$//' YourFile

来源

2014-05-09 05:17:59 NeronLeVelu

sed正则表达式

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