如何继续将以下R代码转换为Python？

Question

我有A R这样的代码：

compute_enrichment <- function(dz_vec) { 
     dz_vec <- dz_vec[!is.na(dz_vec)] 
     n_module_genes <- length(intersect(module_genes,names(dz_vec))) 
     module_genes_pct <- n_module_genes/length(module_genes) 
     result <- list(escore=NA,norm_escore=NA,pvalue=NA,pct_module_genes=module_genes_pct) 
     if (module_genes_pct >= MIN_PCT_MODULE_GENES) { 
      result$escore <- abs(sum(dz_vec[module_genes],na.rm=T)) 
      rand_escores <- sapply(1:N_PERMUTATIONS, function(i) { 
       abs(sum(sample(dz_vec,n_module_genes),na.rm=T)) 
      }) 
      result$norm_escore <- (result$escore - mean(rand_escores))/sd(rand_escores) 
      result$pvalue <- length(which(rand_escores > result$escore))/length(rand_escores) 
     } 
     result 
    } 

我想这个代码转换为Python的。是否有某种脚本可用于此？小小的头脑开始将是伟大的。由于

Answer 1

一般翻译问题会很困难（而且我不知道任何自动翻译机制），并且其他人提出的使用rpy的建议是非常好的。

但是，如果您确实需要将此特定代码转换为Python，则该代码的作业会更容易，因为它不包含许多矢量化操作。使用一个模式是：

1. 类似的代码dz_vec <- dz_vec[!is.na(dz_vec)]成为一个列表理解（虽然你得有什么用的NA，这并不在Python存在，因而办法公约测试这种情况）。
2. length()变成len()。
3. sapply成为列表理解。
4. 像mean和sd这样的函数可以在numpy中找到（或者很容易写出自己）。

Answer 2

你并不需要将其转换，您可以使用rpy

Answer 3

我回答这个问题，蟒蛇把它永远是：scriptify它，然后调用使用subprocess蟒蛇脚本。我喜欢这种方法（而不是安装RPy），因为RPy不适用于所有版本的R（这意味着如果你没有幸运地使用正确的版本来重新创建你的安装），你就不必安装任何如果你的R脚本已经运行。