R - 如何重新加载函数（或更改包优先级）

Question

我正在使用Matrix库来处理稀疏矩阵。偶尔，我需要运行一个使用Bioconductor软件包的函数，它依赖于S4Vectors库。不幸的是，Matrix中的“colSums”函数与S4Vectors中的“colSums”函数冲突。因此，当我运行这个函数时，它会打破我的“colSums”函数，这真的很烦人。

我知道有这个问题，有两种常用的解决方案： 1）根据Bioconductor的包加载矩阵库前 - 但是，我很少使用这个功能，所以我宁愿只加载Bioconductor的包时我需要它。 2）不是调用“colSums”，而是调用“Matrix :: colSums” - 然而，这是非常不方便的，我需要改变我的整个代码库。

理想情况下，我只需加载Bioconductor软件包，运行我的功能，然后通过卸载Bioconductor软件包或重新加载Matrix软件包来清理我的环境。但是，我很难做到这些。首先，是否可以重新加载Matrix :: colSums（以便替换S4Vectors :: colSums）？其次，当我尝试卸载S4Vectors时，R抱怨，因为许多其他软件包依赖于它。

所以除了S4Vectors为什么有一个函数与R中最常用的稀疏矩阵包冲突这个明显的问题之外，我想知道这个问题的最佳解决方案是什么？简单地重新加载一个软件包不可能很困难，对吗？

Answer 1

正如您所知，正确的方法是编写Matrix::colSums。

一个简单的解决方案，这并不需要重写你的代码将添加一行

colSums <- Matrix::colSums 

地方在你的代码。那么这colSums属于你的全球环境，因此在任何其他图书馆之前。

编辑

我发现了一个更好的解决方案。 我将用plyr和dplyr进行演示，因为它们都具有arrange功能并导致冲突。

示例1。 dplyr稍后加载，因此获胜。

library(plyr) 
library(dplyr) 
environment(arrange) 
# <environment: namespace:dplyr> 

例2 plyr胜

# unload libraries 
unloadNamespace("plyr") 
unloadNamespace("dplyr") 
library(dplyr) 
library(plyr) 
environment(arrange) 

的关键是搜索顺序，您可以通过search功能找到。 下面，你可以看到plyr之前dplyr。

search() 
# [1] ".GlobalEnv"  "package:plyr"  "package:dplyr"  "tools:rstudio"  
# [5] "package:stats"  "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils"  
# [9] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"   "package:base" 

例3.你可以在搜索列表中指定要加载库的位置; pos的说法。

unloadNamespace("plyr") 
unloadNamespace("dplyr")  

library(plyr) 
library(dplyr, pos=length(search())) 
environment(arrange) 
# <environment: namespace:plyr> 

search() 
# [1] ".GlobalEnv"  "package:plyr"  "tools:rstudio"  "package:stats"  
# [5] "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils"  "package:datasets" 
# [9] "package:methods" "Autoloads"   "package:dplyr"  "package:base" 

总之，你可以加载Bioconductor库给予了大量的pos。 这就是说，你说Bioconductor取决于S4Vector和S4Vector是造成冲突的原因之一。不幸的是，由于require声明在Bioconductor包内，因此您无法直接控制依赖包的位置。
一种解决方法是，您加载S4Vector先用pos选项，然后加载Bioconductor：

library(S4Vector, pos=10) # replace 10 by an appropriate large number 
library(Bioconductor) 

然后，S4Vector将被放置在搜索顺序Matrix后。

又一解决方案

如果你想重装Matrix，那么你也可以不喜欢：

library(dplyr) 
library(plyr) 
environment(arrange) 
# <environment: namespace:plyr> 

unloadNamespace("dplyr") 
library(dplyr) 
environment(arrange) 
# <environment: namespace:dplyr> 

Answer 2

实施例：

library(lubridate) 

lubdridate日期会取代。弹出一条消息说：下面的对象从'package：base'被屏蔽：date 但是你仍然可以到达原始的日期函数。

base::date() 

所以你没有看看加载顺序。只需具体说明您使用的是哪种功能。