使用子进程执行时出错

我试图通过Python代码执行shell命令，但我无法理解它为什么失败。使用子进程执行时出错

当打印命令并将其粘贴到shell以尝试直接执行它时效果很好，这是奇怪的部分。

从Python中，我发现了以下内容：

/bin/sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `(' 
/bin/sh: -c: line 0: `/DATA/NGS/ngs_software/bioinfoSoftware/bwa_current/bwa mem ... --threads 4 -T /tmp/samTemp -'

有什么我失踪？我的代码看起来像这样，其中'cmd'是带有命令的字符串。该操作系统是一个CentOS用的bash shell：

process = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE) 
out = process.stdout.readline() 
out = out.decode("utf-8").strip('\n')

来源

2016-08-29 Cristian Perez

什么是命令？ – Samuel

'shell尝试直接执行它'完全可以正常工作'空闲保存你的应用程序，但是'谁在外面保存你的应用程序？ – dsgdfg

@chepner给了我正确的答案，这是一个不能正常工作的替换。感谢您的帮助！ –

你的命令包含进程替换，但Popen运行使用/bin/sh它的命令。当以/bin/sh运行时，bash不允许进程替换。您可以使用executable选项明确请求使用bash运行该命令。

process = subprocess.Popen(cmd, shell=True, executable='/bin/bash', stdout=subprocess.PIPE)

来源

2016-08-29 12:16:49 chepner

太棒了，这确实有用，不知道。非常感谢你的帮助:) –

使用子进程执行时出错

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