'找不到命令'在apache中使用子进程时出错'

我想将我的django项目从开发服务器移到生产服务器。我用一个（BIG）例外解决了几乎所有的问题。当我在终端中运行以下代码（使用python manage.py shell）时，它工作正常，但是通过我的apache服务器（使用mod_wsgi）运行时运行不正常。'找不到命令'在apache中使用子进程时出错'

我的代码：

... 
    blastn_cline = NcbiblastnCommandline(query=filepath, db=db, evalue=0.1, outfmt=5, out=out, task="blastn-short", dust="no") 
    process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE) 
    proc_out, proc_err = process.communicate() 
    err_log = open('/Users/basehunt/logs/ncbi_error_log.log', 'a+') 
    err_log.write("\n"+str(datetime.datetime.now())+": "+str(proc_err)) 
    err_log.close() 
    ...

当我在看我的日志文件 ncbi_error_log.log我通过终端我得到运行后（作为一个例子）

：

2011-12-17 12:30:54.771292:

所以没有错误。然而，当我通过我的Apache服务器上运行我得到：

2011-12-17 12:28:59.755323: /bin/sh: blastn: command not found

我已经尝试了解决这个问题的广泛搜索，但无法找到任何东西，让修复 - 尽管我希望我昭然若揭失去了一些东西很明显，所以我可以很快地对此进行分类

附加信息：

OS X雪豹
Python版本2.7.2是

的Django 1.3
PATH包含BLASTN目录

如果您想要查看任何其他代码，请告诉我。

解决：

通过改变

process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

到

process = subprocess.Popen('/Users/basehunt/BLAST/ncbi-blast-2.2.25+/bin/'+str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

，以绝对的指向功能。非常感谢。

来源

2011-12-17 rjralgar

在Apache/mod_wsgi下运行时，您必须使用完整路径名称来运行程序或任何正在访问的文件。这是因为您的用户PATH不被Apache继承或使用。进程的当前工作目录也可以是任何东西，所以不能依赖于相对路径。

因此，使用'/ some/path/blastn'替换'/ some/path /'，而不是使用程序所在位置的完整路径。

来源

2011-12-18 00:53:28

嗨格雷厄姆，非常感谢。正如我在编辑中提到的那样，我需要用''''而不是'/'来指定我的路径。不知道这是为什么。另外，你对这个问题删除的有关'/ bin/sh'搞乱的评论是如此的正确......这样做真的和我的服务器搞砸了，我不得不做很多救援。另外，在modwsgi上做的很棒！再次感谢。 – rjralgar 2011-12-19 01:03:07

你不应该需要双斜杠，所以不知道那里发生了什么，除非你第一次更改代码时没有重新加载代码。甚至无法想象为什么你会想到首先尝试双斜杠。关于源代码重新加载的问题，可能是http://code.google。com/p/modwsgi/wiki/ReloadingSourceCode – 2011-12-19 01:37:56

完全正确 - 我没有正确地重新加载我的源代码，完全愚蠢。没想到我从一开始就没有写过斜线，但git告诉我我做过了（为什么我会这样做，我不知道 - 认为我的大脑已经从这个'/ bin/sh'问题中被炒掉了）。无论如何，再次感谢。 – rjralgar 2011-12-19 01:45:52

'找不到命令'在apache中使用子进程时出错'

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