2017-04-24 45 views
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这是我graphNEL对象R:如何graphNEL对象转换为邻接矩阵

>mergedPathways_d 
A graphNEL graph with undirected edges 
Number of Nodes = 41 
Number of Edges = 102 

我已经试过coerce。它没有解决。 它要求预先定义的矩阵及到因此未正常工作,我不得不NA在我的形容词矩阵

我使用edgeL试过条目。它没有解决。 边缘名单我得到了号码为边缘和基因的不名称。我不知道如何将基因映射到这些数字上。

我试图使用igraph.from.graphNEL然后使用as_adjacency_matrix将它转换为igraph。它没有解决。 我得到了一个dgCMatrix,而不是一个可访问的行和列的正常矩阵,我无法将其转换为数据框。

所以现在邻接矩阵(41 X 41)具有行ANS列与所述graphNEL物体41个基因名称。或具有2列和102行的边缘列表。一行上的每条边。

任何帮助将不胜感激。它已经整天试图从KEGG中提取数据,现在试图将其操作为所需的形式以供进一步应用。

谢谢!

回答

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你试过:

as(mergedPathways_d, "matrix")