如何找出在R中加载哪个软件包版本？

Question

我正在研究如何使用我的大学集群。它有2个版本的R安装。系统范围R 2.11（Debian 6.0）和R 2.14.2非标准位置。

我正在尝试将MPI与雪一起使用。我试图运行的代码如下

library(snow) 
library(Rmpi) 
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1) 
stopCluster(cl) 
mpi.quit() 

它在R 2.11中没有问题。 （我用mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R启动脚本）。现在，当我尝试有R 2.14.2做到这一点，我得到以下信息：

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1 
In addition: Warning message: 

因此，似乎是R编译加载的R 2.11包雪版本。我[R 2.14下安装到雪我家的文件夹，并添加以下行到我的代码：

.libPaths("/soft/R/lib/R/library") 
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11") 
print(.libPaths()) 
print(sessionInfo()) 
print(version) 

和错误前的输出证实我确实运行v 2.14.2和我的R封装文件夹首先在搜索路径中。但我仍然得到错误。

所以我的问题是如何确定在R中加载哪个版本的软件包？我可以看到installed.packages所有已安装的软件包，所以也许有一些函数列出了加载软件包的类似信息？

Answer 1

您可以使用sessionInfo()来完成此操作。

> sessionInfo() 
R version 2.15.0 (2012-03-30) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=C     LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] graphics grDevices utils  datasets stats  grid  methods base  

other attached packages: 
[1] ggplot2_0.9.0 reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] colorspace_1.1-1 dichromat_1.2-4 digest_0.5.2  MASS_7.3-18  memoise_0.1  munsell_0.3  
[7] proto_0.3-9.2  RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0  stringr_0.6  
> 

然而，按照意见和下面的答案，有更好的选择

> packageVersion("snow") 

[1] '0.3.9'

或者：

"Rmpi" %in% loadedNamespaces() 

Answer 2

要检查R的版本执行：R --version

或者你是在R后壳打印version$version.string

编辑

的内容，检查安装的软件包的版本，请执行下列操作。

加载库后，就可以执行sessionInfo()

但要知道所有已安装包的列表：

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version")) 
packinfo[,c("Package", "Version")] 

或提取特定库版本，一旦你提取使用的信息installed.package函数如上只是在矩阵的第一维中使用包的名称。

packinfo["RANN",c("Package", "Version")] 
packinfo["graphics",c("Package", "Version")] 

上面将打印RANN库和图形库的版本。

Answer 3

您可以使用packageVersion看什么版本的包被加载

> packageVersion("snow") 
[1] ‘0.3.9’ 

虽然这听起来像你想看到你正在运行的R版本，在这种情况下，@贾斯汀的sessionInfo建议是这样的去

Answer 4

你可以尝试这样的事情：

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

Answer 5

使用下面的代码，即可获得系统中安装的R程序包的版本：

installed.packages(fields = c ("Package", "Version")) 

Answer 6

根据前面的答案，这里是印刷的一个简单的替代方法R版本，随后是名称空间中加载的每个软件包的名称和版本。它在Jupyter笔记本上工作，在那里我遇到了运行sessionInfo()和R --version的麻烦。

print(paste("R", getRversion())) 
print("-------------") 
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) { 
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name))) 
} 

日期：

[1] "R 3.2.2" 
[1] "-------------" 
[1] "AnnotationDbi 1.32.2" 
[1] "Biobase 2.30.0" 
[1] "BiocGenerics 0.16.1" 
[1] "BiocParallel 1.4.3" 
[1] "DBI 0.3.1" 
[1] "DESeq2 1.10.0" 
[1] "Formula 1.2.1" 
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1" 
[1] "GenomicRanges 1.22.3" 
[1] "Hmisc 3.17.0" 
[1] "IRanges 2.4.6" 
[1] "IRdisplay 0.3" 
[1] "IRkernel 0.5" 

Answer 7

使用R方法packageDescription获取安装的软件包描述和版本只使用$Version为：

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version 
[1] "1.1-6" 

Answer 8

从技术上来讲，所有的答案在这一次是错误的。 packageVersion不会返回已加载软件包的版本。它进入磁盘，并从那里获取软件包版本。

这在大多数情况下都没有什么不同，但有时候确实如此。据我所知道的，只有这样，才能得到一个加载包的版本是相当的hackish：

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]] 

其中pkg是软件包的名称。

编辑：我不知道什么时候加入这个功能，但你也可以使用getNamespaceVersion，这是清洁：

getNamespaceVersion(pkg) 

Answer 9

的GUI解决方案：

如果您正在使用RStudio那么你可以检查Packages窗格中的软件包版本。

Answer 10

搜索（）可以给出附加包的更简化的列表在一个会话（即，没有通过sessionInfo（）给出的详细信息）

搜索{碱} - R的文档
描述：给出一个附件包列表。Search()

search() 
#[1] ".GlobalEnv"  "package:Rfacebook" "package:httpuv" 
#"package:rjson"  
#[5] "package:httr"  "package:bindrcpp" "package:forcats" # 
#"package:stringr" 
#[9] "package:dplyr"  "package:purrr"  "package:readr"  
#"package:tidyr"  
#[13] "package:tibble" "package:ggplot2" "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"  
#[17] "package:stats"  "package:graphics" "package:grDevices" 
#"package:utils"  
#[21] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"   
#"package:base"