重新计算距离矩阵

我有一个很大的输入矩阵（4000x10000）。我使用dist()来计算它的欧几里德距离矩阵（大约需要5个小时）。
我需要为另一行（对于4001x10000矩阵）计算“相同”矩阵的距离矩阵。在不重新计算整个矩阵的情况下确定距离矩阵的最快方法是什么？重新计算距离矩阵

来源

2012-12-02 sztup

你知道如何做，但不是在R或你不知道该怎么做吗？ – carlosdc

额外的行是额外的点还是额外的变量/维度？ – flodel

我假设你的额外的行意味着一个额外的点。如果它意味着一个额外的变量/维度，它会要求一个不同的答案。

首先，对于矩阵的欧氏距离，我建议使用fields包中的rdist函数。它是用Fortran编写的，比dist函数快很多。它返回一个matrix而不是dist对象，但您可以始终使用as.matrix和as.dist从一个到另一个。

这里是（比你小）样本数据

num.points <- 400 
num.vars <- 1000 
original.points <- matrix(runif(num.points * num.vars), 
          nrow = num.points, ncol = num.vars)

你已经计算出的距离矩阵：

d0 <- rdist(original.points)

的额外点（S），你只需要计算距离额外点之间以及额外点与原始点之间的距离。我将使用两个加分证明的解决方案是由一般到任意数量的加分：

extra.points <- matrix(runif(2 * num.vars), nrow = 2) 
inner.dist <- rdist(extra.points) 
outer.dist <- rdist(extra.points, original.points)

这样你就可以将它们绑定到你的更大的距离矩阵：

d1 <- rbind(cbind(d0, t(outer.dist)), 
      cbind(outer.dist, inner.dist))

让我们来看看它匹配什么一个完整的，长期rerun会产生：

d2 <- rdist(rbind(original.points, extra.points)) 

identical(d1, d2) 
# [1] TRUE

来源

2012-12-02 12:14:59 flodel

我试过用： mydist <-dist（original.points） mydist < - as.matrix（mydist） euc.dist <-function（x）{ sqrt（sum（（extra.point - x）^ 2）） } extra.dist <-apply（original.points，1，euc.dist） rbind（mydist，extra.dist）我的问题是将多余的行绑定到类“dist” – sztup

距离矩阵是一个方形矩阵。您最后只需添加一行，您还应该在末尾添加一列，并且右下角的值应为零（额外点与其自身之间的距离）。但请阅读我的解决方案... – flodel

重新计算距离矩阵

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