如何在foreach中指定R包的位置（...，.packages =“pkg”）％dopar％

Question

我的“pkg”安装在别的地方，我怎么能告诉foreach在哪里可以找到包？

foreach(i = 1:2,.packages="pkg") %dopar% { ... } 

这给我的错误信息：

worker initialization failed: there is no package called 'pkg' 

谢谢您的帮助。

Answer 1

您可以使用.libPaths()函数在运行会话中设置库路径。

否则启动文件如~/.Renviron可以提供帮助，请参阅?Startup。

最后，如果您使用foreach运行不同的机器，您需要照顾每台机器上的库路径。

Answer 2

另一种方法是你打电话之前foreach向.libPaths分发到所有工人：

library(foreach) 
library(doParallel) 

#setup parallel backend to use 8 processors 
cl<-makeCluster(8) 
registerDoParallel(cl) 

# pass libPath to workers, NOTE THIS LINE 
clusterCall(cl, function(x) .libPaths(x), .libPaths()) 

parallelResults <- foreach(i = 1:42, .combine = rbind) %dopar% { 
    # do your stuff 
}