优化使用大量for循环的PHP代码

Question

我的PHP代码包含许多foreach循环，并且结果绝对是灾难性的。运行时间太长。

是否有替代方案。我接受所有建议。

我在想，可能会实现基于Flash的客户端，并使用actionscript来利用客户端的CPU来运行逻辑。

或者有没有办法使用C/C++来处理服务器本身对计算要求较高的部分，并返回PHP的结果。

以下函数被调用1,000,000次。

public function performEnrichmentAnalysis($geneSet) { 
    /** 
    * $mainArray is a multi dimentional array. 
    * EntrezID | Set (0/1) | pValue | rank 
    */ 
    $mainArray = array(); 
    $finalArray = array(); 
    $originalGenesScore = 0; 
    $randomGenesScore = 0; 
    $u = 0; 
    $EntrezID = array(); 
    $Set = array(); 
    $pValue = array(); 
    $Rank = array(); 
    $originalGenes = $geneSet->getGenes(); 
    $memeberCount = $geneSet->getGeneCount(); 
    $randomGenes = $this->geneExpressionData->getRandomGenes($memeberCount); 
    /** 
    * Copy the elements of original and random gene sets to main array. 
    */ 
    foreach ($originalGenes as $key => $value) { 
     $pVal = $this->geneExpressionData->getExpressionValue($value); 
     $array = array('EntrezID' => $value, 'Set' => 0, 'pValue' => $pVal, 'Rank' => 999); 
     array_push($mainArray, $array); 
     unset($array); 
    } 
    foreach ($randomGenes as $key => $value) { 
     $pVal = $this->geneExpressionData->getExpressionValue($value); 
     $array = array('EntrezID' => $value, 'Set' => 1, 'pValue' => $pVal, 'Rank' => 999); 
     array_push($mainArray, $array); 
     unset($array); 
    } 
    /** 
    * sort the multi dimentaional array based on p-values 
    */ 
    foreach ($mainArray as $key => $row) { 
     $EntrezID[$key] = $row['EntrezID']; 
     $Set[$key] = $row['Set']; 
     $pValue[$key] = $row['pValue']; 
     $Rank[$key] = $row['Rank']; 
    } 
    array_multisort($pValue, SORT_ASC, $mainArray); 

    /** 
    * Assign ranks to the genes 
    */ 
    for ($index = 0; $index < count($mainArray); $index++) { 
     $row = $mainArray[$index]; 
     $row['Rank'] = $index + 1; 
     $row['Score'] = 0; 
     //print_r($row['Rank']); 
     array_push($finalArray, $row); 
    } 

    /** 
    * Calculate scores for each gene 
    */ 
    for ($i = 0; $i < count($finalArray); $i++) { 
     for ($j = $i + 1; $j < count($finalArray); $j++) { 
      if ($finalArray[$j]['Set'] != $finalArray[$i]['Set']) { 
       $finalArray[$i]['Score']++; 
      } 
     } 
    } 

    /** 
    * Calculate score for the entire set and get universal U and z score. 
    */ 
    for ($counter = 0; $counter < count($finalArray); $counter++) { 
     if ($finalArray[$counter]['Set'] == 0) { 
      $originalGenesScore += $finalArray[$counter]['Score']; 
     } 
     if ($finalArray[$counter]['Set'] == 1) { 
      $randomGenesScore += $finalArray[$counter]['Score']; 
     } 
    } 

    if ($originalGenesScore > $randomGenesScore) { 
     $u = $randomGenesScore; 
    } else { 
     $u = $originalGenesScore; 
    } 

    $zNumerator = $u - (($memeberCount * $memeberCount)/(2)); 
    $zDenominatorSquared = ($memeberCount * $memeberCount * ($memeberCount + $memeberCount + 1))/12; 

    $z = $zNumerator/sqrt($zDenominatorSquared); 

    if (abs($z) > 2.303) { 
     $this->temp001++; 
    } elseif (abs($z) > 1.605) { 
     $this->temp005++; 
    } else { 
     $this->tempRemaining++; 
    } 
} 

Answer 1

那么，这不是真的可以轻松回答的问题。是的，假设你知道C++，代码可以用C++重写。我没有看到任何重大障碍。

您将不得不想出一种方法将原始geneSet转换为C++代码，然后构造一个表示您的$mainArray等的结构。使用std::vector为您的阵列。

由于这段代码本身并不实际生成任何webcontent，因此可以很容易地将该函数替换为对服务器上安装的C++程序的调用。我建议你实际上实现了在C++中调用这个函数的功能，因为如果这被称为1M次，那么你最好在C++中进行1M次调用，而不是在1M次调用一段C++代码。