没有互联网

我在那里通过互联网通信禁伐站上安装工作Bioconductor的。是否可以使用R CMD INSTALL安装Bioconductor？ Bioconductor网站没有记录此类安装，我没有找到关于此主题的任何信息。没有互联网

2013-10-09 user2862111

做到这一点的最简单的方法是相同的类型（相同的R-版本，体系结构（32/64位），OS）的计算机上安装该程序包，将库复制到另一台机器。看看R's Add-on documentation来查看你的库存储在哪里。

2013-10-09 10:42:12 Calimo

另一种答案是given by Kasper Daniel Hansen on the BioC mailing list（见the final code）。我们的想法是在可以访问Internet的计算机上安装BiocInstaller，以便将软件包下载到磁盘上，然后按照正确的顺序将它们安装在没有Internet访问权限的计算机上。

来源

2013-10-09 10:49:36 Calimo

您可以在您的机构作出Bioconductor的镜子：

http://www.bioconductor.org/about/mirrors/mirror-how-to/

来源

2013-10-09 23:52:45

我通过电子邮件发送的乡亲Bioconductor的有关安装RBGL包没有互联网，并得到了快速的和有益的响应。所以，我想我也有同感：

使用这里描述的技术的改良版本： Listing R Package Dependencies Without Installing Packages

你可以用你需要为了运行RBGL和图中所有包的列表结束（递归依赖关系）。原来是 RGBL和图形本身加上一个额外的软件包BiocGenerics。

您可以从他们的包着陆页，例如这些包为BiocGenerics：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocGenerics.html

这是假设你正在运行v 3.0.x和将要使用Bioconductor的 2.13。如果您使用的是不同版本的Bioconductor，请在上面的URL中更改“版本”以匹配其版本号。

在此页面上的“包下载”部分，安装包的适当的版本。这样做对图形和RBGL和好，这三个文件复制到目标机器和那里运行（在这个顺序）R CMD INSTALL BiocGenerics_ * R CMD INSTALL graph_ * R CMD INSTALL RBGL_ *

那么你应该被设置。

另一件需要考虑的事情是在你所在机构的防火墙（你需要托管一个CRAN镜像为）的的内部托管一个Bioconductor镜像。不过，这只是安装几个软件包的工作很多，。

其中一些特定于RBGL软件包，但是这里有足够的信息对于试图安装Bioconductor软件包的任何人来说都是非常有用的。

来源

2013-12-05 23:34:05 rrs

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